GSE266505：转录与Cohesin指导基因组定位及结构域边界可塑性

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE266505

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数据说明

基因组的空间定位与细胞身份之间已被证实存在相关性，但三维基因组组织的机制原理仍不清楚。因此，我们对基因组定位受损如何导致疾病的理解仍然有限。在此，我们证明基因转录与cohesin活性之间的协同关系指导核纤层相关结构域（LAD）边界的可塑性以及边界近端基因的空间定位。转录介导LAD边界的保真性，转录的丧失会将LAD边界基因重新定位至核纤层。转录抑制介导的重新定位依赖于cohesin的环挤出活性，且无法与异染色质修饰因子或压缩状态相关联。此外，Friedreich共济失调中LAD边界基因FXN的致病性转录沉默与FXN的异常外周定位相关。引人注目的是，cohesin活性的丧失足以将突变型FXN从核外周重新定位，并部分恢复FXN转录。

综上所述，我们揭示了不同基因组组织过程的分子调控因子如何协同编排LAD边界的可塑性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。