SCA7小鼠转录组年龄相关变化数据集

资源简介

SCA7小鼠转录组年龄相关变化数据集

GSE139090 数据集来自 NCBI GEO，题为“Age-associated Changes in the Transcriptome of SCA7 Mice”，聚焦于脊髓小脑共济失调 7 型（SCA7）小鼠模型中的年龄相关转录组变化。该数据集以高通量测序方式对小鼠小脑总 RNA 进行表达谱分析，比较 Atxn7 重复序列正常与扩增（92 CAG）的小鼠在 12 周龄和 29 周龄时的基因表达差异，旨在为理解重复扩增突变如何随年龄推进导致共济失调表型提供转录层面的数据基础。数据集归入神经系统疾病／共济失调方向，包含 1 个文件，即 GSE139090_series_matrix.txt.gz。

【数据集背景】

SCA7 属于多聚谷氨酰胺疾病，其致病机制与 Atxn7 基因中的 CAG 重复序列扩增有关。源站描述指出，Atxn7 重复扩增突变会导致共济失调表型。为探究这一表型背后的分子变化，该研究选取小脑组织作为观察对象，因为小脑是共济失调相关病理的重要脑区。研究设计围绕年龄因素展开，将携带正常 Atxn7 重复长度的小鼠与携带扩增重复（92 CAG）的小鼠进行对比，并在 12 周龄和 29 周龄两个时间点考察基因表达变化，从而把重复扩增与年龄推进两个变量纳入同一比较框架。

【数据内容】

该数据集的核心内容是来自小鼠小脑总 RNA 的高通量测序表达谱数据。数据以基因表达谱（Expression profiling by high throughput sequencing）为主题标签，记录正常重复长度与 92 CAG 扩增重复小鼠在 12 周和 29 周龄时的转录组测量结果，可用于比较不同基因型与不同年龄条件下基因表达水平的差异。数据集仅包含 1 个文件，文件样例为 GSE139090_series_matrix.txt.gz，属于系列矩阵文件形式，通常用于承载样本层面的表达汇总信息。主题标签中还包含 GPL13112 与 10090，分别对应所使用的平台标识与小鼠物种标识。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov，即 NCBI GEO 数据库。源站描述说明，实验材料为小鼠小脑总 RNA，取自 Atxn7 重复长度正常的小鼠与重复扩增（92 CAG）的小鼠，分别在 12 周龄和 29 周龄时进行测序，以比较正常与扩增重复之间的基因表达变化。数据集的作者为 Terry 和 Gaasterland，发布时间为 Oct 18 201（源站所载日期原文如此）。本站将其归类为神经系统疾病／共济失调。

【适用场景】

该数据集适用于研究 SCA7 小鼠模型中与年龄相关的转录组改变，尤其是围绕小脑组织的基因表达差异分析。可用于比较 92 CAG 扩增重复与正常重复小鼠在 12 周龄和 29 周龄时的表达谱差异，进而支持对重复扩增突变导致共济失调表型之分子基础的探索。也可作为神经系统疾病、共济失调方向中高通量表达谱数据的参考数据，用于方法学验证、差异表达分析流程的演示或与其他小脑表达谱研究的对照讨论。具体分析目标应结合数据实际内容确定。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE139090_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包格式，读取前需按相应格式解压或直接以支持 GZIP 的工具打开。建议先在小样本上核对字段结构与编码方式，确认样本分组、年龄与基因型等信息与文件内容对应无误后，再进行批量接入与后续分析。由于数据集仅提供 1 个系列矩阵文件，使用时应以该文件为主要数据入口，并结合源站页面信息理解样本组织方式。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量、测序深度、重复样本数量、归一化方法或批次效应等方面的具体说明。该数据集仅包含 1 个文件，未提供其他辅助文件或原始测序数据的进一步描述。发布时间在源站记为 Oct 18 201，年份信息不完整。使用者在解释表达差异时应考虑这些信息缺口，不宜对数据质量或统计效力作出超出源站描述的判断。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可条款的具体信息。使用该数据集时，应遵循 NCBI GEO 来源站的相关使用规定，并在学术使用中按惯例标注数据集编号 GSE139090 及作者 Terry、Gaasterland 与源站标题。具体引用格式与许可条件需以源站页面所载信息为准。