脊髓小脑共济失调3型小脑RNA测序数据

该数据集来自 omicsdi.org,包含脊髓小脑共济失调3型(SCA3)患者与匹配对照者小脑组织的 RNA 测序数据。SCA3 是全球最常见的常染色体显性遗传性共济失调,由 Ataxin-3 基因 CAG 重复扩增导致相应蛋白多聚谷氨酰胺(polyQ)扩展所致

omicsdi
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基因组分类Genomics
f575278b-0b7a-434a-8f2e-9ce9aa8100fe - samples

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-10

资源简介

脊髓小脑共济失调3型小脑RNA测序数据

该数据集收录于 omicsdi.org,主题标签为 Genomics,本站分类归入神经系统疾病 / 共济失调。其内容为脊髓小脑共济失调3型(SCA3)患者与匹配对照者小脑组织的 RNA 测序数据。SCA3 是全球最常见的常染色体显性遗传性共济失调,由 Ataxin-3 基因 CAG 重复扩增导致相应蛋白多聚谷氨酰胺(polyQ)扩展所致。数据集英文名称为 f575278b-0b7a-434a-8f2e-9ce9aa8100fe - samples,围绕小脑这一关键受累组织,提供病例与对照的转录组测序信息,可用于从基因表达层面观察 SCA3 相关的分子改变。以下按背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量与限制、引用与许可等方面展开说明。

【数据集背景】

脊髓小脑共济失调3型(SCA3)是全球最常见的常染色体显性遗传性共济失调。其致病机制为 Ataxin-3 基因发生 CAG 重复扩增,进而使相应蛋白产生多聚谷氨酰胺(polyQ)扩展。该数据集正是围绕这一疾病背景构建,聚焦于 SCA3 患者与匹配对照者的小脑组织,通过 RNA 测序获取转录组层面的数据,以支持对 SCA3 相关基因表达特征的研究。数据集来源站为 omicsdi.org,主题标签为 Genomics,本站分类为神经系统疾病 / 共济失调。

【数据内容】

该数据集包含来自 SCA3 患者与匹配对照者小脑组织的 RNA 测序数据。数据以样本形式组织,英文名称为 f575278b-0b7a-434a-8f2e-9ce9aa8100fe - samples。其核心内容为小脑组织的转录组测序结果,可用于比较 SCA3 组与对照组在基因表达层面的差异。关于样本数量、测序平台、读长、测序深度、表达定量方法、注释版本等具体技术参数,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 omicsdi.org。源站描述指出,该数据为来自 SCA3 个体与匹配对照者小脑的 RNA 测序数据。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、受试者纳入与排除标准、组织处理与保存方式、测序实验流程等细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与 SCA3 相关的转录组研究,尤其是以小脑组织为对象、比较患者与匹配对照基因表达差异的分析。潜在用途包括:探索 SCA3 中受 CAG 重复扩增及 polyQ 扩展影响的基因表达变化;筛选候选差异表达基因或通路;为后续机制研究、生物标志物发现或治疗靶点评估提供转录组层面的参考。由于本站分类为神经系统疾病 / 共济失调,该数据也可用于更广泛的共济失调相关神经科学研究中的对照或整合分析。具体分析目标需结合源站提供的原始数据与元数据确定。

【使用方法】

使用该数据集时,可先通过来源站 omicsdi.org 获取数据访问入口,并依据其提供的样本信息区分 SCA3 组与匹配对照组。随后可对 RNA 测序数据进行常规转录组分析流程,例如质控、比对或定量、差异表达分析、通路富集分析等。由于源站未提供具体的测序平台、参考基因组版本、定量工具与预处理参数,实际分析前需先确认源站随数据附带的说明文件与技术元数据。若需与其他数据集整合,应注意批次效应与样本匹配方式。关于数据下载格式、文件结构、是否提供原始读段或仅提供表达矩阵等信息,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集明确来自 SCA3 患者与匹配对照者的小脑组织 RNA 测序,具有明确的疾病与组织指向。但关于样本量、测序质量指标、重复性、批次信息、对照匹配的具体标准、数据完整性及可能的混杂因素,源站未提供。因此,在未获得源站补充元数据前,不宜对该数据集的统计效力、可重复性或适用范围作出超出其描述的推断。使用时应关注源站更新与原始文献说明。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、原始文献、作者列表、发表期刊、DOI、数据许可协议及使用限制,源站未提供。使用者在下载、分析或再分发数据前,应查阅 omicsdi.org 对应条目及其关联的原始数据仓库页面,以确认准确的引用要求与许可条款。

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源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001009317

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

脊髓小脑共济失调3型(SCA3)是全球最常见的常染色体显性遗传性共济失调,由Ataxin-3基因中的CAG重复扩增引起,导致相应蛋白质中多聚谷氨酰胺(polyQ)扩增。此处我们拥有来自SCA3患者及匹配对照者小脑的RNA测序数据。

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