拓扑异构酶抑制剂协同抑制自闭症候选基因

该数据集为GSE43900 SuperSeries,由若干SubSeries组成,主题为拓扑异构酶抑制剂对自闭症候选基因的协同抑制作用,属于神经系统疾病与安格尔曼综合征相关研究

geo
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基因组GPL12619606
GSE43900: Co-ordinate inhibition of autism candidate genes by topoisomerase inhibitors

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

拓扑异构酶抑制剂协同抑制自闭症候选基因

GSE43900 是一个以“拓扑异构酶抑制剂对自闭症候选基因的协同抑制作用”为主题的基因表达数据集,属于 SuperSeries 类型,由若干 SubSeries 组成。该数据集归入神经系统疾病与安格尔曼综合征相关研究方向,来源于 ncbi.nlm.nih.gov,作者为 Chandri 与 Yandava,发布时间为 201 年 1 月 30 日。数据集共包含 1 个文件,样例文件为 GSE43900_series_matrix.txt.gz,主题标签涉及高通量测序表达谱分析,并标注了 GPL1261 平台与 9606 物种信息。整体而言,该数据集面向拓扑异构酶抑制剂与自闭症候选基因表达调控关系的研究,适合作为相关表达谱分析的参考数据。

【数据集背景】

该数据集源站标题为“Co-ordinate inhibition of autism candidate genes by topoisomerase inhibitors”,即拓扑异构酶抑制剂对自闭症候选基因的协同抑制。研究主题落在神经系统疾病范畴,本站分类将其归入神经系统疾病 / 安格尔曼综合征方向。数据集以 SuperSeries 形式组织,源站描述说明该 SuperSeries 由下列 SubSeries 组成,表明其内容是对多个子系列研究的整合汇总,用于围绕同一主题提供更完整的表达谱资源。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE43900_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩格式的表达谱矩阵文件。主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing(高通量测序表达谱分析)、GPL1261 与 9606。其中 GPL1261 为平台标识,9606 为物种标识。数据集以 SuperSeries 形式汇总若干 SubSeries,具体子系列的数量与内容源站未提供。除样例文件外,数据集中各文件的字段结构、样本数量与分组信息源站未提供。

【采集与来源】

数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,作者为 Chandri 与 Yandava,发布时间为 201 年 1 月 30 日。数据通过高通量测序进行表达谱分析,平台标识为 GPL1261,物种标识为 9606。关于样本采集的具体组织类型、处理条件、实验设计细节以及测序策略的详细参数,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于神经系统疾病尤其是安格尔曼综合征相关方向的研究,可用于考察拓扑异构酶抑制剂对自闭症候选基因表达的协同抑制效应。凭借高通量测序表达谱的主题定位,其典型用途包括表达谱层面的基因表达变化分析、候选基因筛选与验证性研究的参考对照等。由于数据集为 SuperSeries,也可作为整合多个 SubSeries 结果的汇总资源,用于跨子系列的综合分析。具体分析场景的适配性需结合源站未提供的实验设计信息进一步判断。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE43900_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式进行读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因编码或字段解析问题导致批量处理出错。对于 SuperSeries 结构,可结合其下属 SubSeries 分别组织分析流程。关于矩阵文件中具体列的含义、注释信息与标准化方式,源站未提供。

【质量与限制】

数据集仅包含 1 个文件,且以 SuperSeries 形式整合 SubSeries,源站描述较为简略,未提供样本量、重复数、质控指标与标准化方法等关键信息。发布时间标注为 201 年 1 月 30 日,年份信息不完整。使用前应自行核对文件完整性与字段编码,并在小样本验证的基础上再开展批量分析。关于数据质量评估的具体结论,源站未提供。

【引用与许可】

数据集作者为 Chandri 与 Yandava,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于引用格式、许可条款与使用限制的具体说明,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE43900

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below.

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