阿尔茨海默病突触生物标志物研究

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/panorama/PXD012138

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

由于突触变性是阿尔茨海默病（AD）病理生理学中的早期事件，因此，活体患者突触丢失的生物体液标志物可作为疾病预后的替代标志物，从而将成为AD生物标志物库的极佳补充。脑脊液（CSF）可直接接触脑间质液，是突触来源蛋白的潜在来源，这些蛋白可能成为 underlying 突触变性的潜在生物标志物。本研究旨在鉴定、验证和评估一组突触蛋白作为AD患者 underlying 突触丢失的替代CSF标志物。在发现阶段，我们将CSF的高通量鸟枪蛋白质组学与对CSF和突触蛋白质组学研究的文献和公共数据库的详尽检索相结合。对CSF突触组分的全面表征鉴定出210种可在人CSF中检测到的突触蛋白。我们选择了一个由22种候选生物标志物组成的初始面板进行评估。在验证阶段，12种蛋白因靶向质谱（选择反应监测，SRM）检测效果不佳而被剔除。

我们通过阵列断层扫描显微镜和生化分级方法，确认了其余10种蛋白质要么直接表达于人类突触（Calsyntenin-1、GluR2、GluR4、Neurexins 2A和3A、Neuroligin-2、Syntaxin-1B、Thy-1和Vamp-2），要么表达于人类突触周围（Tenascin-R）。我们通过SRM在来自2个独立临床队列的脑脊液样本中对突触蛋白组进行了定量，这些队列包括认知正常对照和AD所有临床阶段（n=140）。该蛋白组中的一组蛋白质表现出与现有生物标志物不同的非线性特征，即脑脊液水平在AD最早的临床前阶段降低，反映这些无症状个体突触密度降低，而在神经退行性变广泛的后期症状阶段升高。总之，我们已经鉴定出一组新型突触

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。