阿尔茨海默病ApoE基因型分组蛋白质组学（Emory队列）
组织样本 主要分析中使用的脑组织取自Emory阿尔茨海默病研究中心（ADRC）脑库的尸检收集，验证分析中使用的组织取自Banner Sun Health Research Institute脑库
基本信息
资源简介
阿尔茨海默病ApoE基因型分组蛋白质组学（Emory队列）
Proteomics of ApoE Genotype Groups in AD (Emory cohort) 是一个面向阿尔茨海默病研究的蛋白质组学数据集，按载脂蛋白E（APOE）基因型分组组织样本。数据集归属于神经系统疾病／阿尔茨海默病分类，来源于 synapse.org。其核心组织材料为尸检获取的人脑组织，主要分析所用样本来自Emory阿尔茨海默病研究中心（ADRC）脑库，验证分析所用样本来自Banner Sun Health Research Institute脑库。数据集围绕APOE基因型分组展开蛋白质组学层面的比较研究，并配套提供病例的临床与病理信息，适用于探索不同APOE基因型背景下阿尔茨海默病相关脑组织的分子特征。
【数据集背景】
阿尔茨海默病是最常见的神经退行性疾病之一，其病理特征包括淀粉样斑块沉积与神经原纤维缠结。APOE基因型是阿尔茨海默病最重要的遗传风险因素之一，不同基因型个体在疾病易感性与病理进展上存在差异。该数据集正是在这一背景下，将蛋白质组学分析与APOE基因型分组相结合，利用尸检人脑组织开展研究，以期在分子层面刻画不同基因型组之间的差异。数据集名称中的“Emory cohort”表明其发现或主要分析队列来自Emory阿尔茨海默病研究中心脑库的尸检收集。
【数据内容】
数据集的核心内容为按APOE基因型分组的脑组织蛋白质组学数据，并包含与病例相关的临床和病理信息。根据源站描述，这些信息涵盖疾病状态、APOE基因型、神经病理学评定标准、年龄、性别等。神经病理学评估方面，淀粉样斑块分布依据CERAD标准（Mirra等，1991）进行评定，神经原纤维缠结病理的播散程度依据Braak分期系统（Braak和Braak，1991）进行评估。上述临床与病理信息为蛋白质组学结果的解释提供了分组与表型依据。除上述内容外，数据集的具体样本量、蛋白质鉴定数量、定量方法等细节源站未提供。
【采集与来源】
数据集所用组织均为人类尸检脑组织。主要分析使用的脑组织取自Emory阿尔茨海默病研究中心（ADRC）脑库的尸检收集；验证分析使用的组织取自Banner Sun Health Research Institute脑库。源站描述指出，人尸检组织是在适当的机构审查委员会（IRB）方案下、经家属同意后获取的。这一采集流程说明了样本获取的伦理合规性。两个脑库的分工体现了主要分析与验证分析在样本来源上的区分，有助于评估研究结果的稳健性。
【适用场景】
该数据集适用于阿尔茨海默病相关的蛋白质组学研究，尤其是围绕APOE基因型分组的差异分析。研究者可将其用于比较不同APOE基因型组脑组织的蛋白质表达特征，结合CERAD斑块评分与Braak分期等神经病理学指标，探讨分子层面改变与病理进展之间的关系。此外，配套的年龄、性别、疾病状态等信息可用于协变量调整或分层分析。由于包含独立来源的验证样本，该数据集也适合用于候选分子标志物的验证性研究。需要说明的是，具体可支持的统计设计与分析类型应视数据实际内容而定，源站未提供相关分析建议。
【使用方法】
数据集托管于synapse.org，使用者通常需通过该平台获取数据。源站未提供具体的数据文件格式、下载方式、访问权限要求及配套分析流程说明。使用时应结合源站提供的临床与病理信息进行分组，并注意区分主要分析样本（Emory ADRC脑库）与验证分析样本（Banner Sun Health Research Institute脑库），以避免样本来源混杂对结果的影响。源站未提供推荐的分析软件或处理步骤。
【质量与限制】
数据集的样本来自两个具备规范尸检收集流程的脑库，且神经病理学评估采用了CERAD标准与Braak分期系统，具备较为明确的病理学评定基础；组织获取经IRB方案与家属同意，伦理程序清晰。限制方面，源站未提供样本量、蛋白质组学技术平台、数据完整性与缺失情况等信息，无法据此评估统计效力与技术偏倚。此外，尸检脑组织反映的是疾病终末阶段的分子状态，相关解释需考虑这一特点。其他质量相关细节源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式与许可条款信息。使用者在引用或再利用数据前，应查阅synapse.org上该数据集页面的相关说明，并遵循数据提供方与所属脑库的要求。源站描述中提及的CERAD标准（Mirra等，1991）与Braak分期系统（Braak和Braak，1991）可作为方法学参考。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
需登录公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://synapse.org/Synapse:syn15623112
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
###Tissue Samples Brain tissues used in the primary analysis were obtained from the autopsy collection of the Emory Alzheimer’s Disease Research Center (ADRC) Brain Bank, and tissues used in the validation analysis were obtained from the Banner Sun Health Research Institute Brain Bank. Human postmortem tissues were acquired under proper Institutional Review Board (IRB) protocols with consent from family. In the Emory cohort, postmortem neuropathological evaluation of amyloid plaque distribution was performed according to the Consortium to Establish a Registry for Alzheimer’s Disease (CERAD) criteria (Mirra et al., 1991) while extent of spread of neurofibrillary tangle pathology was assessed in accordance with the Braak staging system (Braak and Braak, 1991). Clinical and pathological information on all cases including disease status, APOE genotype, neuropathological criteria, age, sex and post-mortem interval is provided in Supplementary Tables 1 and 2. For the validation analysis, brain tissues were purchased from the Banner Sun Health Research Institute. A description of these tissues is provided in Supplementary Table 4 and Supplementary Data. Measures of AD pathology were derived in the Banner cohort as previously described (Beach et al., 2015). ###Tissue Homogenization and Protein Digestion Each piece of tissue was individually weighed (~80 mg) and homogenized in 500 µL of urea lysis buffer (8 M urea, 100 mM NaHPO4, 10 mM Tris, pH 8.5), including 5 µL (100X stock) HALT protease and phosphatase inhibitor cocktail (Thermo Scientific, Catalog #1861282). Homogenization was performed using a Bullet Blender (Next Advance) according to the manufacturer’s protocols. Each tissue piece was added to urea lysis buffer in a 1.5 µL Rino tube (Next Advance) that contained 750 mg stainless steel beads (0.9–2 mm diameter) and homogenized twice for 3 min periods at 4°C. Homogenates were centrifuged for 5 min at 5000 x g at 4°C, and the resulting supernatant transferred into 1.5
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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