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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA874713：追踪人和小鼠大脑中细胞类型特异性的时间动态

PRJNA874713 是一个收录于 NCBI BioProject 的生物学项目数据集，其英文名称为“Tracking cell-type-specific temporal dynamics in human and mouse brains”，中文可理解为追踪人和小鼠大脑中细胞类型特异性的时间动态。该数据集在分类上被归入神经系统疾病与阿尔茨海默病方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。从标题与分类信息来看，该项目关注的是大脑组织中不同细胞类型随时间变化的动态特征，并同时涉及人类与小鼠两类研究对象。BioProject 作为生物数据的集合性记录，为围绕单一研究计划所产生的多种数据类型提供统一入口，因此该数据集适合作为相关神经科学研究的索引与入口资源使用。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject，编号为 PRJNA874713。BioProject 是围绕单一研究计划或由单一组织、联合体发起的生物数据的集合。每条 BioProject 记录为用户提供一个统一的位置，以便找到该项目所产生的多种数据类型。该项目的主题为追踪人和小鼠大脑中细胞类型特异性的时间动态，本站将其归类于神经系统疾病与阿尔茨海默病方向。由此可知，该数据集在背景上属于神经科学与脑研究领域，并与神经系统疾病，尤其是阿尔茨海默病这一方向存在分类上的关联。

【数据内容】

该数据集的主题为追踪人和小鼠大脑中细胞类型特异性的时间动态。其英文名称明确指向“cell-type-specific temporal dynamics”，即细胞类型特异性的时间动态，研究对象包括人类与小鼠的大脑。关于该项目具体包含哪些数据类型、样本数量、时间点设置、细胞类型种类、测序或检测平台等细节，源站未提供。BioProject 记录本身的作用是提供指向该项目所生成多种数据类型的链接入口，因此其内容覆盖范围可能涉及多种数据形式，但具体构成需以源站记录为准。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录类型为 BioProject，编号 PRJNA874713。BioProject 记录通常源自单一组织或联合体发起的单一研究计划。关于该项目的具体采集机构、样本来源、伦理审批信息、采集时间与地点、实验设计细节等，源站未提供。可以确认的是，该项目同时涉及人类与小鼠大脑，因此其来源可能包含两类物种的相关生物材料，但具体来源信息需查阅源站记录。

【适用场景】

基于其主题与分类，该数据集适用于与大脑细胞类型时间动态相关的研究场景，尤其是神经系统疾病与阿尔茨海默病方向的研究。研究人员可将其作为查找该项目所产生多种数据类型链接的入口。由于 BioProject 提供统一入口以定位同一项目下的多样数据类型，该数据集也可用于数据检索、项目溯源以及跨数据类型整合的起点。关于更具体的适用场景，如特定分析方法、疾病模型或临床转化用途，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 NCBI BioProject 记录的形式提供，编号为 PRJNA874713。用户可通过 NCBI BioProject 平台访问该记录，并借助记录中的链接查找该项目生成的多种数据类型。BioProject 的设计目的即在于为用户提供单一位置以发现与项目相关的不同数据资源。关于具体的数据下载方式、文件格式、访问权限、是否需要申请授权等操作细节，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于生物数据集合性记录。其主题标签为“Other”。关于该项目的质量控制指标、数据完整性、样本量、测序深度、覆盖度、批次效应、注释版本等质量相关信息，源站未提供。此外，该记录本身是项目层面的索引性描述，并不等同于经过统一处理的分析结果数据集，因此在使用时需注意区分项目记录与具体数据文件之间的差异。关于限制条件，如数据使用限制、隐私约束或伦理限制，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录编号为 PRJNA874713。关于该项目的正式引用格式、作者列表、发表文献、许可协议、数据使用条款以及是否允许再分发等引用与许可相关信息，源站未提供。用户在使用该数据集时，应直接查阅 NCBI BioProject 上对应记录的官方说明，以获取准确的引用与许可要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE212251

访问原始数据

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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA874713

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

祖细胞在维持正常、衰老和疾病状态下的最佳机体功能中发挥着基础性作用。然而，对祖细胞的特征描述尚不完整，尤其是在大脑中，部分原因是传统方法在体内解析细胞类型特异性增殖与分化动态方面受到通量和分辨率不足的限制。在此，我们开发了TrackerSci，这是一种新技术，将新生细胞的体内标记与单细胞组合索引相结合，以描绘稀有祖细胞的单细胞染色质图谱和转录组，并在体内追踪细胞分化轨迹。我们应用TrackerSci分析了跨越三个年龄阶段的整个小鼠大脑以及阿尔茨海默病小鼠模型中新生细胞的表观遗传和基因表达动态。利用该数据集，我们鉴定出在传统单细胞分析中特征描述较少的多种祖细胞类型，并恢复了它们独特的表观遗传特征。

我们进一步量化了祖细胞的细胞类型特异性增殖与分化潜能，并鉴定了其衰老相关变化（如神经发生/少突胶质发生减少）背后的分子程序。最后，我们将分析扩展至衰老人脑中的祖细胞研究，通过对来自六个衰老人脑的五个解剖区域的约800,000个单细胞转录组进行 profiling。我们进一步探索了人与小鼠少突胶质发生之间共享或分歧的转录组特征，以及人小脑中少突胶质发生的区域特异性下调。总之，这些数据提供了对哺乳动物大脑中稀有祖细胞的深入视角。我们预期 TrackerSci 将广泛适用于表征多种系统中细胞类型特异性的时间动态。总体设计：针对稀有新生

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别