PRJNA723566：INPP5D 调节 β-淀粉样变小鼠模型中的 TREM2 功能缺失表型

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA723566

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们将Tyrobp缺陷小鼠和Inpp5d缺陷小鼠与App(NL-G-F/NL-G-F)阿尔茨海默病模型小鼠（以下简称NLGF）杂交，生成Tyrobp-/- Inpp5d+/- NLGF小鼠，以评估Inpp5d在Tyrobp-/-小鼠中的作用。我们从NLGF、Tyrobp-/- NLGF和Tyrobp-/- Inpp5d+/- NLGF小鼠中分离小胶质细胞，并利用RNA测序分析小胶质细胞转录组。与NLGF小胶质细胞相比，Tyrobp-/-小胶质细胞显示出显著不同的转录组。先前描述的“疾病相关小胶质细胞”基因在Tyrobp-/-小胶质细胞的差异表达基因中富集。另一方面，除少数基因（如Wdfy1、Mamdc2、Klrb1f）外，Tyrobp-/- Inpp5d+/- NLGF小胶质细胞显示出与Tyrobp-/-小胶质细胞相似的转录组。这些数据表明，在Tyrobp-/- NLGF小胶质细胞中，Inpp5d调节小胶质细胞功能而不影响疾病相关小胶质细胞基因表达。总体设计：9月龄NLGF（N=3）、Inpp5d+/- NLGF（N=3）、Tyrobp-/- NLGF（N=2）、Tyrobp-/- Inpp5d+/- NLGF（N=3）小鼠的小胶质细胞转录组。收集CD11b+/CD45+活细胞作为小胶质细胞。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。