阿尔茨海默病脑内DNA(羟)甲基化组:OXT甲基化作为临床前标志物
该数据集来自 NCBI BioProject(ID 431550),聚焦阿尔茨海默病脑内 DNA(羟)甲基化组,主题标签为 Epigenomics,属于神经系统疾病/阿尔茨海默病方向

基本信息
资源简介
阿尔茨海默病脑内DNA(羟)甲基化组:OXT甲基化作为临床前标志物
PRJNA431550 是一个聚焦阿尔茨海默病脑内 DNA(羟)甲基化组的 BioProject 数据集,来源于 NCBI BioProject 数据库,编号为 431550。该数据集的主题标签为 Epigenomics,在分类上属于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病方向。其英文全称为“Alzheimer's disease DNA (hydroxy) methylome in the brain: OXT methylation as a preclinical marker.”,提示该研究关注阿尔茨海默病患者脑组织中的 DNA 甲基化与羟甲基化特征,并将催产素(OXT)基因的甲基化状态作为临床前标志物进行探索。BioProject 作为生物数据集合,旨在为同一研究计划所产生的多种数据类型提供统一入口,便于用户查找和关联相关数据。该数据集因此可作为阿尔茨海默病表观基因组学研究的一个入口,服务于对脑内 DNA 修饰与疾病早期标志物感兴趣的科研人员。
【数据集背景】
该数据集来自 NCBI BioProject,编号 431550,标题指向阿尔茨海默病脑内 DNA(羟)甲基化组研究,并特别提及 OXT 甲基化作为临床前标志物。BioProject 是 NCBI 提供的一种记录形式,用于汇集与单一研究计划相关的生物数据,这些数据可能来自单一组织或联盟。一个 BioProject 记录为用户提供一个统一的位置,以查找该项目所产生的不同类型数据的链接。该数据集的主题标签为 Epigenomics,本站分类为神经系统疾病 / 阿尔茨海默病,说明其研究背景处于神经退行性疾病与表观基因组学的交叉领域。阿尔茨海默病是最常见的痴呆类型,其病理机制复杂,涉及遗传、表观遗传及环境因素。DNA 甲基化和羟甲基化作为重要的表观遗传修饰,可能参与基因表达调控,并在疾病早期阶段发生变化。该数据集以脑组织为研究对象,关注 DNA(羟)甲基化组,并聚焦 OXT 基因甲基化作为临床前标志物的潜力,体现了从表观遗传角度探索阿尔茨海默病早期诊断标志物的研究方向。
【数据内容】
该数据集的核心内容为阿尔茨海默病脑内 DNA(羟)甲基化组数据,主题标签为 Epigenomics。标题中明确提及 OXT 甲基化作为临床前标志物,表明数据可能包含与 OXT 基因甲基化相关的检测结果。然而,关于具体样本数量、测序平台、甲基化位点数量、数据文件格式及大小等细节,源站未提供。BioProject 记录本身通常不直接包含原始数据,而是提供指向不同数据类型的链接,因此该数据集的具体数据内容需通过其关联链接进一步获取。源站描述仅说明 BioProject 是生物数据的集合,并未列出该项目的具体数据组成。因此,除标题和主题标签所指示的 DNA(羟)甲基化组及 OXT 甲基化方向外,无法进一步描述其数据内容的具体构成。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI BioProject 数据库。BioProject 记录通常来源于单一组织或联盟,用于汇集与某一研究计划相关的生物数据。该数据集的英文标题和源站标题均指向阿尔茨海默病脑内 DNA(羟)甲基化组研究,并提及 OXT 甲基化作为临床前标志物。关于样本采集的具体组织部位、样本量、采集时间、伦理审批信息以及研究机构等,源站未提供。该数据集在 NCBI BioProject 中的编号为 431550,用户可通过该编号在 NCBI 网站上定位到相应记录。由于 BioProject 的设计目的是提供统一入口以链接多种数据类型,因此该数据集的采集与来源信息可能分散在其关联的多个子项目中,但源站描述未给出具体细节。
【适用场景】
该数据集适用于表观基因组学、神经退行性疾病特别是阿尔茨海默病相关的研究场景。主题标签 Epigenomics 表明其可用于 DNA 甲基化和羟甲基化分析,尤其是脑组织中的修饰模式研究。标题中提及 OXT 甲基化作为临床前标志物,提示该数据集可能适用于生物标志物发现、疾病早期诊断、表观遗传机制探索等方向。研究人员可利用该数据集探索阿尔茨海默病脑内 DNA 修饰变化,比较患者与对照组的甲基化差异,或验证 OXT 基因甲基化作为临床前标志物的潜力。此外,由于 BioProject 提供多种数据类型的链接,该数据集也可作为整合多组学数据的入口,用于系统生物学分析。本站分类为神经系统疾病 / 阿尔茨海默病,进一步明确了其应用领域。但具体适用场景需结合源站未提供的样本信息和实验设计来确定。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库访问,编号为 431550。用户可在 ncbi.nlm.nih.gov 上检索该编号,进入 BioProject 记录页面,查找与阿尔茨海默病脑内 DNA(羟)甲基化组相关的数据链接。BioProject 记录提供统一入口,用户可通过其链接跳转至不同数据类型,如下载原始测序数据、查看样本信息或访问关联的分析结果。由于源站未提供具体的数据格式、下载方式或分析工具,无法进一步说明详细的使用步骤。一般建议用户先阅读 BioProject 页面上的项目描述和关联资源,再根据研究需求选择相应的数据文件。对于表观基因组学数据,通常需要借助甲基化分析软件进行处理,但该数据集的具体使用方法源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject,作为公共数据库记录,其质量依赖于原始研究的数据提交和审核流程。然而,关于该数据集的具体质量控制指标、数据完整性、样本代表性、测序深度、甲基化检测覆盖率等信息,源站未提供。标题中提及 OXT 甲基化作为临床前标志物,但这一结论的验证程度、统计效力及可重复性均未在源站描述中说明。此外,BioProject 记录本身可能仅提供链接,不直接包含原始数据,用户需访问关联资源以评估数据质量。该数据集的限制还包括:源站未提供样本量、人群特征、脑区信息及实验设计细节,因此无法判断其是否适用于特定研究问题。用户在使用时应自行核查关联数据的质量,并注意表观遗传数据可能受组织异质性、批次效应等因素影响。
【引用与许可】
该数据集的引用信息及许可条款源站未提供。用户在使用该数据集时,应参考 NCBI BioProject 记录页面上的引用指南和许可声明。通常,公共数据库中的数据可能遵循特定的使用条款,但具体到该数据集,源站未给出明确说明。建议用户在发表研究成果时,按照 NCBI 的要求引用相应的 BioProject 编号(431550)及原始研究文献。由于源站未提供许可细节,用户需自行查阅 NCBI 网站上的通用政策或联系数据提交者以获取授权信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA431550
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究探讨了DNA甲基化组和羟甲基化组,以及未修饰胞嘧啶与阿尔茨海默病(AD)的关系。我们在中颞回中发现了AD患者与年龄匹配对照组之间的表观遗传差异,这些差异位于与OXT、ACSL1、RHBDF2、C3和MIR9-3HG等基因相关的基因组区域。有趣的是,我们发现,在年长且未患痴呆的个体血液中,OXT甲基化也与转化为AD痴呆相关。当前的GEO记录涉及本研究的(ox)BS处理的中颞回Illumina 450K数据集。总体设计:来自82个样本的(氧化)亚硫酸氢盐转化DNA与Illumina HumanMethylation450 BeadChip杂交。
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