PRJNA359096：阿尔茨海默病患者与小鼠模型皮层基因表达比较分析
阿尔茨海默病（AD）是最常见的痴呆形式，其特征是β淀粉样蛋白（Abeta）积累和神经原纤维缠结。氧化应激和炎症被认为在AD的发生和进展中起重要作用
基本信息
资源简介
PRJNA359096：阿尔茨海默病患者与小鼠模型皮层基因表达比较分析
PRJNA359096 是一项围绕阿尔茨海默病（Alzheimer's disease, AD）皮层基因表达开展比较分析的研究数据集，收录于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病分类下，来源为 ebi.ac.uk。该数据集的核心工作是在阿尔茨海默病患者脑组织与 App（NL-G-F/NL-G-F）及 3xTg-AD-H 小鼠模型之间进行跨物种比较基因表达谱分析，旨在探讨淀粉样变性与神经炎症之间的关联。阿尔茨海默病是最常见的痴呆形式，以 β 淀粉样蛋白（Abeta）积累和神经原纤维缠结为特征，而氧化应激与炎症被认为在疾病发生和进展中起重要作用，但这些事件对 Abeta 病理的贡献程度此前尚不清楚。该数据集正是针对这一科学问题而构建。
【数据集背景】
阿尔茨海默病是最常见的痴呆形式，其特征是 β 淀粉样蛋白（Abeta）积累和神经原纤维缠结。氧化应激和炎症被认为在 AD 的发生和进展中起重要作用。然而，这些事件在多大程度上促成 Abeta 病理，仍不清楚。为回答这一问题，研究者在 AD 患者脑组织与 App（NL-G-F/NL-G-F）和 3xTg-AD-H 小鼠模型之间开展了跨物种比较基因表达谱分析，该数据集即对应这一研究工作的数据记录。
【数据内容】
该数据集的内容为皮层基因表达谱的比较数据，覆盖 AD 患者脑皮层与两种小鼠模型（App（NL-G-F/NL-G-F）和 3xTg-AD-H）的基因表达信息。研究关注在 App（NL-G-F/NL-G-F）与人类 AD 皮层中共同发生改变的基因，这些基因与炎症反应或免疫性疾病相关。其中，AD 相关基因 C4a/C4b、Cd74、Ctss、Gfap、Nfe2l2、Phyhd1、S100b、Tf、Tgfbr2 和 Vim 的表达在 App（NL-G-F/NL-G-F）皮层中随 Abeta 淀粉样变性进展而升高，并伴随胶质细胞增生加重。关于 3xTg-AD-H 模型中共同改变基因的进一步描述，源站未提供完整信息。数据集的具体样本量、测序平台、数据文件格式与规模等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 ebi.ac.uk，英文名称为“PRJNA359096: Comparative profiling of cortical gene expression in Alzheimer's disease patients and mouse models demonstrates a link between amyloidosis and neuroinflammation”。其数据来自对 AD 患者脑皮层以及 App（NL-G-F/NL-G-F）和 3xTg-AD-H 小鼠模型皮层的基因表达谱检测与比较。关于样本采集地点、供体信息、伦理审批、测序或芯片平台、数据处理流程等具体采集细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于阿尔茨海默病发病机制研究，尤其是淀粉样变性与神经炎症之间关联的探索；可用于跨物种（人脑皮层与小鼠模型皮层）基因表达比较分析；可用于筛选在 AD 患者与 App（NL-G-F/NL-G-F）小鼠皮层中共同改变的炎症反应或免疫性疾病相关基因；也可为以 C4a/C4b、Cd74、Ctss、Gfap、Nfe2l2、Phyhd1、S100b、Tf、Tgfbr2、Vim 等基因为对象的后续验证研究提供表达谱层面的参考。其他应用方向源站未提供。
【使用方法】
使用者可基于该数据集开展 AD 患者皮层与 App（NL-G-F/NL-G-F）、3xTg-AD-H 小鼠模型皮层之间的比较基因表达分析，识别共同改变且与炎症反应或免疫性疾病相关的基因，并考察这些基因表达随 Abeta 淀粉样变性进展及胶质细胞增生加重的变化趋势。具体的数据下载方式、文件组织、分析流程与参数设置，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于跨物种比较设计，涉及人脑皮层与两种小鼠模型，其结论外推到其他脑区、其他模型或人群时需谨慎。源站描述在 3xTg-AD-H 相关部分内容不完整，相关基因改变信息有限。关于样本量、测序深度、数据完整性、批次效应与质控指标等质量信息，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的英文名称及来源站为 ebi.ac.uk，使用时应注明数据来源。关于许可协议、使用条款与正式引用文献，源站未提供。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA359096
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
阿尔茨海默病（AD）是最常见的痴呆症类型，其特征为β淀粉样蛋白（Abeta）的积累和神经原纤维缠结。氧化应激和炎症被认为在AD的发生和进展中发挥重要作用。然而，这些事件对Abeta病理的贡献程度仍不清楚。我们对AD患者脑组织与App（NL-G-F/NL-G-F）及3xTg-AD-H小鼠模型进行了跨物种比较基因表达谱分析。在App（NL-G-F/NL-G-F）与人类AD皮层中共同改变的基因与炎症反应或免疫性疾病相关。其中，随着Abeta淀粉样变性进展并伴随胶质细胞增生加重，AD相关基因（C4a/C4b、Cd74、Ctss、Gfap、Nfe2l2、Phyhd1、S100b、Tf、Tgfbr2和Vim）在App（NL-G-F/NL-G-F）皮层中的表达增加，而在3xTg-AD-H与人类AD皮层中共同改变的基因则与神经系统疾病相关。
App（NL-G-F/NL-G-F）小鼠皮层中，一些基因的表达也发生了改变（Abi3、Apoe、Bin2、Cd33、Ctsc、Dock2、Fcer1g、Frmd6、Hck、Inpp5D、Ly86、Plcg2、Trem2、Tyrobp），这些基因被全基因组关联研究定义为AD的风险因素，或被鉴定为晚发性AD的遗传节点。这些结果表明，皮层Aβ淀粉样变性与神经炎症反应之间存在强相关性，并有助于更好地理解性别因素在AD发展中的参与作用。总体设计：本研究使用了来自两种小鼠模型的12月龄小鼠：AppNL-G-F/NL-G-F小鼠，其在内源性APP启动子的控制下携带三个致病性App敲入突变，这些突变通过增加总Aβ产生（瑞典突变KM670/671NL）、增加Aβ42/Aβ40比值（伊比利亚突变I716F）以及通过促进寡聚化和减少蛋白水解降解来促进Aβ聚集（北极突变E693G）从而促进侵袭性淀粉样变性；以及携带两个突变人源过表达……的3xTg-AD-H小鼠。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
