PRJNA1327935：人类内嗅皮层在阿尔茨海默病不同风险下的空间与单细胞转录组学 [Visium]
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1327935），聚焦人类内嗅皮层在阿尔茨海默病不同风险背景下的空间与单细胞转录组学，采用 Visium 技术
![PRJNA1327935: Spatial and single cell transcriptomics in the human Entorhinal Cortex across diverse risk of Alzheimer’s disease [Visium]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/73234.jpg)
基本信息
资源简介
PRJNA1327935：人类内嗅皮层在阿尔茨海默病不同风险下的空间与单细胞转录组学 [Visium]
该数据集为 NCBI BioProject 收录项目（ID 1327935），英文名称为“Spatial and single cell transcriptomics in the human Entorhinal Cortex across diverse risk of Alzheimer’s disease [Visium]”，聚焦人类内嗅皮层在阿尔茨海默病不同风险背景下的空间与单细胞转录组学研究，采用 Visium 技术。本站将其归入神经系统疾病 / 阿尔茨海默病分类，主题标签为 Other。该数据集可用于了解阿尔茨海默病相关风险背景下内嗅皮层细胞组成与空间组织的研究资源，其原始记录与数据链接由 NCBI BioProject 提供统一入口。
【数据集背景】
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1327935），源站标题为“Spatial and single cell transcriptomics in the hum... (ID 1327935) - BioProject - NCBI”。BioProject 是围绕某一项研究计划汇集生物数据的记录集合，这些数据通常来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一的位置，以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集所属的研究方向为人类内嗅皮层在阿尔茨海默病不同风险背景下的空间与单细胞转录组学，采用 Visium 技术。本站分类为神经系统疾病 / 阿尔茨海默病，主题标签为 Other。
【数据内容】
该数据集的核心内容为人类内嗅皮层在阿尔茨海默病不同风险背景下的空间与单细胞转录组学数据，采用 Visium 技术。数据集名称中明确包含“Spatial and single cell transcriptomics”以及“[Visium]”，表明其涉及空间转录组学与单细胞转录组学两个层面，并以 Visium 作为空间转录组学技术平台。关于样本数量、测序深度、基因表达矩阵、细胞类型注释、空间坐标信息、风险分组的具体定义等详细内容，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目 ID 为 1327935。源站描述指出，BioProject 记录汇集与单一研究计划相关的生物数据，这些数据来自单一机构或联合体，并为用户提供查找该项目所生成多种数据类型的统一入口。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、受试者来源与纳入排除标准等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与人类内嗅皮层、阿尔茨海默病不同风险背景、空间转录组学及单细胞转录组学相关的研究场景。潜在用途包括探索内嗅皮层在阿尔茨海默病不同风险条件下的空间基因表达模式与细胞组成特征，以及作为相关转录组学分析的参考数据资源。由于该数据集采用 Visium 技术，也可用于涉及空间转录组学方法的研究。具体适用场景需结合源站提供的原始数据与元数据进一步确认，源站未提供更详细的适用说明。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI BioProject 记录（ID 1327935）进行访问，BioProject 记录提供查找该项目所生成多种数据类型的统一入口。用户可依据源站提供的链接获取相关数据。关于数据下载格式、预处理流程、分析工具、参数设置、代码示例等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自 NCBI BioProject，属于公开的生物项目记录。关于数据质量评估指标、批次效应、测序质量、样本完整性、技术重复、数据覆盖度等，源站未提供。该数据集聚焦人类内嗅皮层与阿尔茨海默病不同风险背景，采用 Visium 技术，但关于样本量、统计功效、风险分层标准、临床信息完整性等限制，源站未提供。使用时应参考源站记录及原始数据说明。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、许可条款、使用限制、数据共享政策等，源站未提供。用户在使用该数据集时，应访问 NCBI BioProject 记录（ID 1327935）以获取最新的引用与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1327935
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们展示了首个来自死后人脑供体内嗅皮层(ERC)的空间分辨转录组学和单核RNA测序整合数据集。ERC与阿尔茨海默病(AD)的早期进展有关，我们选择这一脑区，通过比较APOE E2和E4等位基因携带者，研究与AD风险相关的基因表达变化。我们专门选择了未诊断AD或广泛神经退行性变的供体。由于非洲血统背景相比欧洲血统背景AD风险增加，且女性相比男性AD风险也增加，我们的数据集包含了来自这些不同背景的供体。我们鉴定出一个前髓鞘少突胶质细胞亚群，其转录组变化与APOE E4携带者强烈相关。这些变化在两种血统背景中都存在，尽管在非洲血统供体中更为显著。为了便于基于此数据集的未来研究，我们提供了原始和处理后的数据，并创建了交互式网络应用程序。
总体设计：我们从31位神经典型成年脑捐赠者中获取了死后人脑内嗅皮层（ERC）的组织块，这些捐赠者携带E2或E4 APOE等位基因，分别来自非洲和欧洲血统。为每位捐赠者生成了一份样本，用于10x Visium的空间分辨转录组学和10x Chromium的单核RNA测序。Visium数据显示了9个转录上独特的空间域。snRNA-seq数据聚类为8种广泛细胞类型下的38种精细亚型。在两种数据类型中，均在聚类水平上进行了APOE携带状态（E2+与E4+）之间的差异表达分析。人类/患者样本的原始文件正在dbGaP（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gap/）中提供，以供对个人可识别序列数据进行受控访问。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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