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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1310559：人阿尔茨海默病组织中Aβ斑块周围小胶质细胞空间分辨表达

PRJNA1310559 是 NCBI BioProject 收录的一个生物项目，其英文全称为 Spatially Resolved Microglial Expression Around Aβ Plaques in Human Alzheimer's Disease Tissue。该项目聚焦人类阿尔茨海默病组织，主题为 Aβ 斑块周围小胶质细胞的空间分辨表达。从分类上看，它属于神经系统疾病中的阿尔茨海默病方向。BioProject 作为生物数据的集合记录，旨在将围绕同一研究计划产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找与访问。该项目以空间分辨的方式关注小胶质细胞在 Aβ 斑块周围的表达特征，为理解阿尔茨海默病中神经炎症相关细胞的空间分布提供了数据入口。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 PRJNA1310559。BioProject 是一个生物数据的集合，这些数据与单一研究计划相关，来自单一组织或联盟。BioProject 记录为用户提供一个单一位置，以便找到为该计划生成的各种数据类型所对应的链接。该项目的主题标签为“Other”。其研究焦点落在人类阿尔茨海默病组织中的 Aβ 斑块周围小胶质细胞，并强调空间分辨的表达信息。阿尔茨海默病属于神经系统疾病，Aβ 斑块是该疾病中受到广泛关注的病理特征之一，而小胶质细胞是中枢神经系统中的固有免疫细胞。将空间分辨方法应用于 Aβ 斑块周围的小胶质细胞表达，意味着该项目关注的是细胞在组织空间位置上的表达差异，而不仅是整体表达水平。

【数据内容】

该数据集的核心内容围绕“人阿尔茨海默病组织中 Aβ 斑块周围小胶质细胞的空间分辨表达”展开。项目标题明确指向空间分辨的表达信息，并限定于人类阿尔茨海默病组织。主题标签为“Other”。除上述信息外，关于具体的数据类型、样本数量、基因或蛋白列表、空间分辨率、测序平台、数据文件格式等，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，收录于 NCBI BioProject，项目编号 PRJNA1310559。源站标题显示为“Spatially Resolved Microglial Expression Around Aβ... (ID 1310559) - BioProject - NCBI”。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、捐赠者信息、组织处理方式等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与人类阿尔茨海默病组织相关的空间分辨研究场景，尤其是关注 Aβ 斑块周围小胶质细胞表达特征的分析。由于项目强调空间分辨，潜在的使用方向可能包括在组织空间背景下考察小胶质细胞与 Aβ 斑块的位置关系，以及比较不同空间位置上小胶质细胞表达的差异。该数据集属于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病分类，因此也可作为该疾病领域生物项目检索与数据发现的一个入口。关于具体的分析流程、适用的软件工具或统计方法，源站未提供。

【使用方法】

该数据集为 NCBI BioProject 收录项目，用户可通过 NCBI BioProject 记录查找与该计划相关的各类数据链接。BioProject 记录的设计目的即在于提供单一位置，以便找到为该计划生成的各种数据类型所对应的链接。关于该项目的具体下载方式、访问权限、数据格式说明、分析步骤或配套代码，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的主题标签为“Other”。关于数据质量评估、批次效应、样本量、覆盖度、技术偏差、验证实验等具体质量指标，源站未提供。由于源站描述仅对 BioProject 的性质作了一般性说明，并未给出该项目的详细技术参数，因此在使用时需注意其信息完整度受限于源站所提供的内容。关于该数据集是否存在特定限制或使用约束，源站未提供。

【引用与许可】

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE306381

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1310559

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

通过对人类阿尔茨海默病组织进行小胶质细胞富集的空间转录组学分析，我们识别出与斑块直接接触的小胶质细胞、斑块周围区域以及远离斑块区域的小胶质细胞中不同的基因表达变化。我们定义了一组仅斑块接触性小胶质细胞（PCOM）基因，其表达仅在直接接触斑块的小胶质细胞中增加。这些基因与先前报道的基因集显著重叠，表明斑块接触性小胶质细胞对应于已充分表征的疾病相关小胶质细胞（DAM）及其他AD相关基因表达特征。我们进一步识别出与疾病相关协变量相关的不同共表达网络，包括一个与APOE基因型相关的免疫模块和一个与Braak分期负相关的突触-线粒体模块。最后，我们将人类数据集与我们先前发表的18月龄AppNL-F小鼠数据进行比较，后者使用相同的实验范式生成，并证明斑块接触性小胶质细胞中的基因表达具有跨物种一致性。

总体设计：采用NanoString GeoMx数字空间分析仪（DSP）对FFPE人类海马组织进行分析，以描绘阿尔茨海默病（AD）患者及认知未受损、淀粉样蛋白阳性（CU-AP）对照者中富含小胶质细胞的基因表达谱。对于每份组织样本，分别从直接接触淀粉样斑块的小胶质细胞（“斑块相关”）、（ii）斑块周边区域的小胶质细胞，以及（iii）远离斑块的小胶质细胞中捕获基因表达信息。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别