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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1117897：人类海马成年、衰老与AD神经发生路线图

PRJNA1117897 是 NCBI BioProject 数据库收录的一个生物项目，其英文名称为“A roadmap to human hippocampal neurogenesis in adulthood, aging and AD”，中文可理解为“人类海马在成年、衰老及阿尔茨海默病阶段的神经发生路线图”。该数据集在本站被归类于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。从项目名称可以看出，其核心关注点是人类海马体在不同生命阶段——成年、衰老以及阿尔茨海默病（AD）——中的神经发生过程，旨在为相关研究提供一份路线图式的参考框架。BioProject 作为生物数据的集合记录，将围绕同一研究目标产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找和访问。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级数据组织方式，用于汇集与某一项研究计划相关的生物学数据。根据源站描述，一个 BioProject 通常源自单一机构或一个联合体，并围绕一个统一的研究倡议展开。它为用户提供了一个单一入口，用以发现该项目所生成的不同类型数据及其链接。PRJNA1117897 正是在这一体系下登记的项目，其主题聚焦于人类海马神经发生在成年、衰老及阿尔茨海默病中的变化路线图。该主题处于神经科学与衰老研究的交叉领域，与本站分类中的神经系统疾病 / 阿尔茨海默病方向一致。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Other”。项目名称表明其内容围绕人类海马在成年、衰老及 AD 阶段的神经发生路线图展开。BioProject 记录本身并不限定单一数据类型，而是提供指向该项目所生成的各种数据类型的链接。因此，该数据集可能涉及与海马神经发生相关的多种生物学数据，但具体包含哪些数据文件、样本数量、测序平台或分析结果，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 PRJNA1117897。根据 BioProject 的一般定义，该项目的数据源自单一组织或联合体，并围绕一个研究倡议进行收集和整理。关于样本采集的具体地点、时间、人群特征、伦理审批信息以及数据生成的具体机构，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与人类海马神经发生、成年神经发生、衰老过程以及阿尔茨海默病相关的研究场景。研究人员可以利用 BioProject 记录查找与该主题相关的数据链接，进而探索海马在成年、衰老和 AD 中的神经发生路线图。此外，对神经退行性疾病、海马可塑性以及衰老生物学感兴趣的研究者，也可能将该数据集作为数据发现的起点。具体的使用场景需结合项目实际包含的数据类型来判断，源站未提供更详细的适用说明。

【使用方法】

用户可以通过 NCBI BioProject 数据库访问 PRJNA1117897 记录。BioProject 记录提供指向该项目所生成的不同数据类型的链接，用户可据此定位和获取相关数据。关于数据下载、格式、分析工具或具体操作步骤，源站未提供。

【质量与限制】

BioProject 作为项目级记录，其质量取决于所链接数据的完整性和准确性。该数据集的主题标签为“Other”，可能意味着其内容不局限于某一特定标准分类。关于数据质量评估、批次效应、样本代表性、技术偏差或使用限制，源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或版权信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE268609

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1117897

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在啮齿动物中，海马神经发生在学习和记忆中起着关键作用，受到抑制性神经元的严格调控，并导致阿尔茨海默病（AD）小鼠模型中的记忆功能障碍。相比之下，调节成人海马神经发生的机制、衰老和AD中转录组和表观基因组谱的动态变化以及细胞环境内推测的生态位相互作用，在很大程度上仍不清楚。利用死后人类海马的单核多组学技术，我们绘制了跨越衰老、认知衰退和AD神经病理学的海马神经发生分子机制图谱。神经干细胞（NSCs）、神经母细胞和未成熟神经元的转录组和表观遗传学分析表明，神经发生特征的最早转变发生在衰老过程中的NSCs中。认知障碍与神经母细胞谱的变化相关。在AD中，未成熟神经元中转录机制广泛停止，调节核糖体和线粒体功能的基因显著下调。此外，衰老过程中海马中parvalbumin+抑制性神经元大量丢失。

其余抑制性神经元的数量随年龄和诊断而变化减少。值得注意的是，在从衰老向AD过渡的过程中，未成熟神经元与抑制性神经元之间观察到了类似的系统级效应，表现为共同的分子通路，这些通路最终在AD中丢失。神经母细胞、未成熟神经元和GABA能神经元的数量与神经病理学程度呈负相关。利用CellChat和NeuronChat，我们推断了神经发生细胞与其细胞环境通信所依赖的配体和受体。在AD中，观察到神经发生细胞发送或接收的突触黏附分子和神经递质的丢失。总之，本研究描绘了人类神经发生的分子机制和动态、与抑制性神经的功能关联

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别