人类小胶质细胞与脑血管周围巨噬细胞在衰老和阿尔茨海默病中的可塑性

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/f6ea32cb-a10e-46ba-ba39-38d469c9cade

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

髓系细胞（包括小胶质细胞和血管周围巨噬细胞）的复杂作用在阿尔茨海默病（AD）的神经生物学中居于核心地位，但人们对其仍知之甚少。在此，我们对来自1，607名独特供者前额叶皮层的832，505个人类髓系细胞进行了分析，这些供者覆盖了人类生命周期及不同程度的AD神经病理。我们描绘了13种转录上不同的髓系亚型，并将其归入6个亚类，同时鉴定了髓系细胞在衰老和疾病进展过程中与AD相关的适应性变化。与吞噬作用相关的GPNMB亚型随AD负荷显著增加，并与多基因AD风险评分相关。通过将AD风险基因组织为调控层级，我们鉴定并验证了MITF是GPNMB的上游转录激活因子，对维持吞噬作用至关重要。通过细胞间相互作用网络，我们优先确定了与AD进展相关的APOE-SORL1和APOE-TREM2配体-受体对。在人类和小鼠模型中，TREM2缺陷均破坏了GPNMB的扩增并降低了吞噬功能，提示GPNMB的神经保护作用依赖于TREM2。

我们的发现阐明了与衰老和AD相关的髓系亚型，推进了对它们在AD中作用的机制理解，并有助于治疗发现。疾病：阿尔茨海默病、阿尔茨海默病 || 路易体痴呆、阿尔茨海默病 || 帕金森病、阿尔茨海默病 || 帕金森病 || 路易体痴呆、阿尔茨海默病 || 肌萎缩侧索硬化、阿尔茨海默病 || 额颞叶痴呆、阿尔茨海默病 || 精神分裂症、阿尔茨海默病 || tau蛋白病。组织：背外侧前额叶皮层。检测：10x 3‘ v2、10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。