多区域蛋白质组学揭示阈下磁刺激恢复阿尔茨海默小鼠线粒体与蛋白稳态网络

数据集获取

源站：https://doi.org/10.17632/dkszpm563f.1

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 29.5 MB。

数据说明

本数据集随稿件《多区域蛋白质组学描绘阿尔茨海默病小鼠阈下磁刺激下线粒体与蛋白质稳态网络的恢复》一同发布。该研究采用跨多个脑区的定量蛋白质组学方法，绘制阿尔茨海默病小鼠模型中线粒体与蛋白质稳态网络的变化，并表征其在阈下磁刺激后的恢复情况。该Mendeley Data记录包含稿件所用的处理后蛋白质组学输出及支持材料：蛋白质与肽段定量矩阵、搜索参数文件、描述实验设计的样本元数据（脑区、基因型与治疗组），以及支持稿件中图表与统计分析的分析输出。原始谱图使用SequestHT（Proteome Discoverer）针对UniProt Mus musculus数据库（SwissProt + TrEMBL含异构体，TaxID 10090，版本2024-01-24）进行搜索。采用胰蛋白酶消化，允许最多2个漏切位点，最小肽段长度为6个氨基酸。前体质量容差设为10 ppm，碎片质量容差设为0.02 Da。

半胱氨酸的氨甲酰甲基化设为静态修饰；甲硫氨酸的氧化和N端乙酰化设为动态修饰。肽段-谱图匹配使用Percolator以串联目标/诱饵策略进行验证，FDR阈值设为1%（严格）和5%（宽松）。详细的搜索参数见02_search_parameters/文件夹。原始质谱数据已通过PRIDE合作数据库提交至ProteomeXchange Consortium，数据集标识符为PXD077354。引用本Mendeley Data记录时，应同时引用PRIDE数据库条目及相关手稿。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。