衰老大脑星形胶质细胞转录组芯片分析：与阿尔茨海默病理及ApoE基因型的关系

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-29652

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数据说明

星形胶质细胞功能障碍会影响其正常功能，包括对神经元的支持作用，进而促进包括阿尔茨海默病（AD）在内的神经退行性病理的发生。因此，为理解星形胶质细胞在年龄相关疾病发病机制中的作用，我们分析了星形胶质细胞基因表达谱与阿尔茨海默型病理之间的关系。本研究的目的是结合免疫激光捕获显微切割（immuno-LCM）和微阵列分析，在不同Braak分期以及不同ApoE基因型条件下，对来源于医学研究理事会认知功能与老龄化研究（MRC-CFAS）的死后人颞叶皮层样本中的星形胶质细胞转录组进行表征。使用免疫激光捕获显微切割技术，从MRC-CFAS队列中年龄、性别和脑pH匹配的病例中分离GFAP阳性星形胶质细胞。提取的RNA经扩增后应用于HGU133 Plus 2.0 Affymetrix基因芯片。

如果在病理各阶段的全部6个个体病例中，基因显示出至少1.5倍变化且p<0.02，则认为这些基因存在差异表达[共18例：6例Braak I-II期（3例至少携带一个ApoE epsilon4等位基因，3例为ApoEe4阴性）；6例Braak III-IV期（3例ApoEe4阳性，3例ApoEe4阴性）；6例Braak V-VI期（3例ApoEe4阳性，3例ApoEe4阴性）]。关键词：人GFAP阳性星形胶质细胞

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。