基本信息

模态

蛋白质

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-08

资源简介

H.sapiens - 大脑皮层, SC (Pingetal, scidata.2020)

H.sapiens - Cerebral cortex, SC (Pingetal,scidata.2020) 是一个面向人类大脑皮层组织的蛋白质组学数据集，归类于神经系统疾病与阿尔茨海默病方向，来源站为 omicsdi.org。该数据集以蛋白质丰度信息为核心，采用基于谱计数的定量方式，并附带相互作用一致性评分与覆盖度指标，主题标签为 Proteomics。整体来看，它提供了人类大脑皮层相关蛋白质组信息，可用于神经系统疾病尤其是阿尔茨海默病相关的蛋白质丰度分析与分类研究，为探索脑皮层蛋白质表达变化与疾病关联提供了数据基础。

【数据集背景】

该数据集归属于神经系统疾病与阿尔茨海默病这一分类方向。阿尔茨海默病是一种与大脑皮层密切相关的神经退行性疾病，蛋白质组层面的丰度变化常被用于理解疾病机制与寻找潜在标志物。该数据集以人类大脑皮层为研究对象，聚焦蛋白质组信息，主题标签为 Proteomics，说明其核心在于蛋白质层面的系统观测。来源站为 omicsdi.org，该平台通常汇集多组学生物数据资源。数据集名称中包含 Pingetal 与 scidata.2020 等标识，用于区分其具体来源与版本。关于该数据集所依托的具体研究背景、实验设计动机及所属项目的详细说明，源站未提供。

【数据内容】

该数据集的主要内容为人类大脑皮层的蛋白质组信息，其丰度基于谱计数（Spectral counting）进行衡量。谱计数是一种常见的蛋白质组学相对定量策略，通过统计鉴定到的肽段谱图数量来反映蛋白质的相对丰度。此外，数据集还包含相互作用一致性评分，数值为 18.6，以及覆盖度指标，数值为 54。这些指标可用于辅助评估蛋白质组数据的可靠性与覆盖范围。主题标签为 Proteomics，进一步明确了数据所属的组学层次。关于数据集中具体包含多少样本、多少蛋白质或肽段、是否包含临床分组信息、以及相互作用一致性评分与覆盖度的具体计算口径，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 omicsdi.org。数据集英文名中包含 “H.sapiens - Cerebral cortex, SC (Pingetal,scidata.2020)”，其中 H.sapiens 指明物种为人类，Cerebral cortex 指明组织为大脑皮层，SC 很可能与谱计数（Spectral counting）相关，Pingetal 与 scidata.2020 则用于标识数据来源与年份版本。关于样本采集的具体流程、实验平台、质谱仪器型号、样本处理与伦理审批等信息，源站未提供。

【适用场景】

根据其分类与主题标签，该数据集适用于神经系统疾病尤其是阿尔茨海默病相关的蛋白质丰度分析与分类研究。具体而言，研究者可利用其中的蛋白质丰度信息，比较不同条件下大脑皮层蛋白质表达差异，或将其用于疾病分类模型的构建与验证。相互作用一致性评分与覆盖度指标也可作为数据质量参考，辅助判断数据在特定分析中的可用性。此外，该数据集可作为蛋白质组学层面的参考资源，用于与其它脑组织或疾病相关蛋白质组数据进行比较研究。关于该数据集是否已被用于特定类型的分析流程或是否适合某些特定统计方法，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以蛋白质丰度信息为核心，丰度基于谱计数。使用时可依据谱计数结果进行蛋白质相对丰度的比较与分析。相互作用一致性评分（18.6）与覆盖度（54）可作为评估数据一致性及覆盖范围的参考指标。主题标签 Proteomics 表明其适用于蛋白质组学相关分析流程。关于数据的具体文件格式、下载方式、是否提供标准化处理后的丰度矩阵、以及是否附带分析脚本或注释文件，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集提供了相互作用一致性评分 18.6 与覆盖度 54，可作为衡量数据质量与覆盖范围的参考。丰度基于谱计数，属于相对定量方式，通常对高丰度蛋白更敏感，低丰度蛋白的检测可能受限。覆盖度数值为 54，提示数据在蛋白质组覆盖方面存在一定范围，但具体含义需结合原始定义理解。关于该数据集的样本量、重复性、批次效应、缺失值比例以及是否存在技术偏差等更详细的质量评估信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 omicsdi.org，名称中包含 Pingetal 与 scidata.2020 等标识，可用于追溯其原始出处。关于该数据集的具体引用文献、作者列表、发表期刊、DOI、数据许可协议以及使用条款等信息，源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集时，应自行查阅来源站 omicsdi.org 上的相关说明以获取准确的引用与许可信息。

原始链接

https://omicsdi.org/dataset/paxdb/521722927

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/paxdb/521722927

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

abundance based on Spectral counting, Interaction consistency score: 18.6, Coverage: 54

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别