阿尔茨海默病患者与小鼠模型皮层基因表达比较分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE92926

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

阿尔茨海默病（AD）是最常见的痴呆症类型，其特征为β淀粉样蛋白（Abeta）的积累和神经原纤维缠结。氧化应激和炎症被认为在AD的发生和进展中发挥重要作用。然而，这些事件对Abeta病理的贡献程度仍不清楚。我们对AD患者脑组织与App（NL-G-F/NL-G-F）及3xTg-AD-H小鼠模型进行了跨物种比较基因表达谱分析。在App（NL-G-F/NL-G-F）与人类AD皮层中共同改变的基因与炎症反应或免疫性疾病相关。其中，随着Abeta淀粉样变性进展并伴随胶质细胞增生加重，AD相关基因（C4a/C4b、Cd74、Ctss、Gfap、Nfe2l2、Phyhd1、S100b、Tf、Tgfbr2和Vim）在App（NL-G-F/NL-G-F）皮层中的表达增加，而在3xTg-AD-H与人类AD皮层中共同改变的基因则与神经系统疾病相关。

该应用（NL-G-F/NL-G-F）皮层中基因（Abi3、Apoe、Bin2、Cd33、Ctsc、Dock2、Fcer1g、Frmd6、Hck、Inpp5D、Ly86、Plcg2、Trem2、Tyrobp）的表达也发生了改变，这些基因被全基因组关联研究定义为AD的风险因素，或被鉴定为迟发性AD的遗传节点。这些结果表明，皮层Abeta淀粉样变性与神经炎症反应之间存在强相关性，并有助于更好地理解性别因素在AD发展中的参与作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。