新型BAC模型揭示TREM2-R47H在AD小鼠淀粉样病理重塑及斑块相关小胶质细胞反应中的功能缺陷

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE348644

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数据说明

髓样细胞触发受体2（TREM2）的罕见R47H变异会增加晚发性阿尔茨海默病（AD）的发病风险。TREM2在调节AD中小胶质细胞反应方面发挥关键作用，导致小胶质细胞在斑块周围聚集和活化。我们此前已证明，增加TREM2基因剂量在AD小鼠模型中具有神经保护作用。然而，R47H变异对TREM2介导的小胶质细胞重编程和神经保护的体内效应仍知之甚少。在此，我们构建了一种细菌人工染色体（BAC）转基因小鼠模型，该模型在人类基因组背景下表达TREM2-R47H变异（BAC-TREM2-R47H），与我们此前构建的BAC-TREM2模型类似。本研究所用的BAC经过工程化改造，删除了同一BAC上其他TREM样基因的关键外显子，以防止过表达多个TREM样基因带来的混杂效应。我们将BAC-TREM2-R47H杂交至5xFAD背景，以评估淀粉样病理和小胶质细胞表型、转录组学以及关键TREM2剂量依赖性基因的原位表达。

我们还比较了5xFAD/BAC-TREM2-R47H中的关键发现与5xFAD/BAC-TREM2小鼠中观察到的结果。BAC-TREM2和BAC-TREM2-R47H均正确表达了通常存在于人体中的三种TREM2剪接异构体。升高的TREM2-R47H基因剂量减少了5xFAD小鼠的斑块负荷，但其效果显著低于5xFAD小鼠中TREM2过表达的效果。体外研究结果证实了这一点，显示BAC-TREM2-R47H小胶质细胞对吞噬作用的影响与BAC-TREM2来源的小胶质细胞相似，但两种小胶质细胞基因型在NLRP3炎症小体激活方面存在差异。此外，与过表达野生型TREM2不同，5xFAD中升高的TREM2-R47H水平未能改善认知和转录组缺陷。重要的是，在5xFAD小鼠中，斑块相关小胶质细胞在TREM2过表达时表现出独特的形态学和基因表达变化，而在TREM2-R47H过表达时则未出现这些变化。Ou

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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