人类多组学揭示NLRP3炎症小体为阿尔茨海默病汇聚可成药靶点:5xFAD小鼠二甲基衣康酸验证

该数据集来自NCBI GEO,包含人类阿尔茨海默病脑组织批量转录组与单核RNA-seq多组学整合分析,并结合5xFAD小鼠二甲基衣康酸验证,用于识别NLRP3/ASC炎症小体作为跨分子模态的汇聚治疗靶点

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基因组预测GPL2424710090
GSE342347: Human multi-omics identifies the NLRP3 inflammasome as a convergent druggable target in Alzheimer's disease: validation with dimethyl itaconate in 5xFAD mice

基本信息

模态
基因组
任务类型
预测
创建/更新时间
2026-10-19

资源简介

人类多组学揭示NLRP3炎症小体为阿尔茨海默病汇聚可成药靶点:5xFAD小鼠二甲基衣康酸验证

Human multi-omics identifies the NLRP3 inflammasome as a convergent druggable target in Alzheimer's disease: validation with dimethyl itaconate in 5xFAD mice

该数据集来自NCBI GEO,包含人类阿尔茨海默病脑组织批量转录组与单核RNA-seq多组学整合分析,并结合5xFAD小鼠二甲基衣康酸验证,用于识别NLRP3/ASC炎症小体作为跨分子模态的汇聚治疗靶点。数据覆盖神经炎症通路富集、炎症小体相关基因表达上调及小胶质细胞中NLRP3、CASP1、IL18表达增加等发现,可用于阿尔茨海默病神经炎症靶点预测与可成药性研究(来源 NCBI)。

【数据集背景】

源站首次发布:Aug 04 202。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):神经炎症是阿尔茨海默病(AD)的标志性特征,然而从大规模人类分子数据集中系统识别药理学上可干预的神经炎症靶点仍是未满足的临床需求。在此,我们整合了来自四个独立队列的462例人类AD脑样本的批量转录组数据与单核RNA-seq(61,466个细胞核),证明NLRP3/ASC炎症小体代表了一个在多种分子模态上得到支持的汇聚治疗靶点。跨队列中,神经炎症通路持续富集。荟萃分析揭示炎症小体相关基因显著上调,包括GSDMD(log₂FC = 0.72;合并p = 5.4× 10^(-5))、PYCARD和CASP1,而细胞类型分辨分析识别出小胶质细胞中NLRP3、CASP1和IL18表达增加。炎症小体相关基因表达也相关

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个,合计 0 B。

【主题与分类】

主题标签:GPL24247、10090。本站分类:神经系统疾病/阿尔茨海默病。

【获取与许可】

源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE342347

【使用注意】

· 源站最后修改于 Aug 31 202,引用时请注意版本时效。

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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

神经炎症是阿尔茨海默病(AD)的标志性特征,然而从大规模人类分子数据集中系统性地鉴定药理学上可干预的神经炎症靶点,仍是尚未满足的临床需求。本研究整合了来自四个独立队列的462份人类AD脑组织样本的批量转录组数据与单核RNA测序数据(61,466个细胞核),证明NLRP3/ASC炎症小体是一个在多种分子模态上均获得支持的一致性治疗靶点。在各队列中,神经炎症通路均持续富集。荟萃分析显示炎症小体相关基因显著上调,包括GSDMD(log₂FC = 0.72;合并p = 5.4×10^(-5))、PYCARD和CASP1,而细胞类型分辨分析发现小胶质细胞中NLRP3、CASP1和IL18表达增加。炎症小体相关基因表达还与Braak神经病理分期相关。为评估该通路的治疗相关性,我们用衣康酸二甲酯(DI)——一种膜通透性NLRP3信号抑制剂——处理了5xFAD小鼠。

DI治疗改善了空间工作记忆,减少了纤维状淀粉样蛋白沉积,并在RNA测序中部分正常化了神经炎症转录特征。总之,这些结果突显了NLRP3/ASC炎症小体作为潜在治疗靶点的重要性,并支持进一步研究针对AD的免疫代谢调节策略。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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