MEF2C调控巨噬细胞中与阿尔茨海默病风险相关的溶酶体与脂质清除程序 [scRNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE324006

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

晚发型阿尔茨海默病（AD）的风险等位基因富集于髓系顺式调控元件中，提示髓系基因调控网络参与疾病易感性。一种保守的脂质相关转录特征——涵盖疾病相关小胶质细胞和外周脂质相关巨噬细胞（DLAM）——在神经退行性疾病和代谢性疾病中普遍出现，但该基因表达程序的转录调控因子仍未完全明确。在此，我们证明MEF2C——一个候选AD风险基因——是DLAM的主调控因子。通过在人类iPSC来源的小胶质细胞和巨噬细胞中进行MEF2C敲除和敲低，我们发现MEF2C完全或部分缺失足以诱导DLAM相关的转录、表观基因组和功能重塑，包括增强的溶酶体活性和胆固醇外流。将染色质可及性和调控性表观遗传谱与功能信息指导的精细定位相结合，将其他位点的AD因果变异与MEF2C调控的调控区域及下游风险基因联系起来。

在AD的三培养模型中，小胶质细胞MEF2C缺失与DLAM群体增加及Aβ42/40比值降低相关，这支持小胶质细胞的情境依赖性重编程作为调节AD相关病理的一种机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。