衰老与阿尔茨海默病脑中微胶质细胞、星形胶质细胞和神经元代谢组特征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE316928

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

神经元与胶质细胞在形态、发育和功能上各具特征。它们拥有独特的转录组和蛋白质组，但对其代谢组知之甚少。脑细胞代谢谱分析的挑战在于获取大量纯化细胞以进行可靠分析。在此，我们从基因标记的大脑中纯化了小胶质细胞、星形胶质细胞和神经元。通过靶向代谢组学，我们在这些细胞中鉴定出70多种代谢物；通过非靶向代谢组学，鉴定出9，854个代谢物特征。我们系统地表征了细胞类型富集的代谢物和代谢通路。谷胱甘肽（GSH）代谢在小胶质细胞中的富集在体内得到进一步验证。在衰老和阿尔茨海默病（AD）模型中，观察到小胶质细胞中GSH水平及GSH代谢显著下降。破坏小胶质细胞中的GSH代谢会导致形态发生异常、线粒体自噬相关基因上调以及β-淀粉样蛋白沉积。我们的结果为与衰老、AD及其他神经系统疾病相关的代谢研究提供了宝贵的资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。