工程化3D免疫-胶质-神经血管人miBrain模型

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE308670

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

亟需整合仿生血脑屏障、免疫及髓鞘化神经元组分的患者特异性人源细胞模型，以加速神经系统疾病机制与干预措施的转化相关发现。为构建包含上述特征及模拟疾病和解析病理机制所需的全部六种主要脑细胞类型的人源细胞模型，我们通过设计仿脑三维水凝胶并确定共培养这六种脑细胞类型（均分化自患者诱导多能干细胞）的条件，构建、表征并应用了多细胞整合脑（miBrain）免疫-胶质-神经血管模型。miBrain重现了类体内特征，包括神经元活动、功能连接、屏障功能、产生髓鞘的少突胶质细胞与神经元的相互作用、多细胞相互作用及转录组谱。我们应用该模型研究与APOE4遗传风险相关的阿尔茨海默病病理。APOE4 miBrain差异性地表现出淀粉样聚集、tau磷酸化及星形胶质细胞胶质纤维酸性蛋白。

与其他类器官方法中胶质细胞与神经元命运共同涌现的指定方式不同，miBrains整合了独立分化的细胞类型，我们利用这一特征发现，星形胶质细胞中的APOE4通过与微胶质细胞的串扰促进神经元tau蛋白的致病机制及失调。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。