人类阿尔茨海默病脑单细胞多组学多区域图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE308132

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

阿尔茨海默病（AD）是痴呆症的首要病因，其由复杂的分子改变驱动，这些改变破坏了神经细胞和胶质细胞的功能。然而，在不同脑区中，AD发病机制背后的精确表观基因组和染色质调控变化仍未被完全理解。为解决这一问题，我们构建了人类AD脑的综合单细胞多组学图谱。我们对11名AD供体和9名年龄匹配的健康供体进行了分析，涵盖与AD病理相关的三个关键脑区：视觉皮层（VC）、颞叶皮层（TC）和前额叶皮层（PFC）。利用单核甲基化组测序（snmC-seq3）以及染色质构象与DNA甲基化的联合分析（snm3C-seq），我们获得了大量数据集，从而能够对转录调控、表观遗传重塑和三维基因组架构进行整合分析。该资源使我们得以表征AD相关的启动子、增强子和转座元件DNA甲基化改变，以及这些改变对转录因子基序可及性的影响。

在染色质层面，我们识别出与疾病相关的高阶基因组组织变化，包括区室、拓扑关联结构域（TADs）和环。通过比较多个皮层区域，我们还揭示了匹配细胞类型内的区域异质性，突出了AD共有的和区域特异性的表观遗传特征。总之，该图谱提供了AD中单细胞表观基因组景观的系统性、多区域视角，并为疾病进展背后的调控机制提供了见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。