人阿尔茨海默病组织中Aβ斑块周围小胶质细胞的空间分辨表达

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE306381

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

通过对人类阿尔茨海默病组织进行小胶质细胞富集的空间转录组学分析，我们识别出与斑块直接接触的小胶质细胞、斑块周围区域以及远离斑块区域的小胶质细胞中不同的基因表达变化。我们定义了一组仅斑块接触性小胶质细胞（PCOM）基因，其表达仅在直接接触斑块的小胶质细胞中增加。这些基因与先前报道的基因集显著重叠，表明斑块接触性小胶质细胞对应于已充分表征的疾病相关小胶质细胞（DAM）及其他AD相关基因表达特征。我们进一步识别出与疾病相关协变量相关的不同共表达网络，包括一个与APOE基因型相关的免疫模块和一个与Braak分期负相关的突触-线粒体模块。最后，我们将人类数据集与我们先前发表的18月龄AppNL-F小鼠数据进行比较，后者使用相同的实验范式生成，并证明斑块接触性小胶质细胞中的基因表达具有跨物种一致性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。