GSE305481：基因组尺度代谢建模揭示与APOE变异相关的细胞类型特异性特征

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE305481

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数据说明

代谢失调是阿尔茨海默病（AD）发病机制的关键特征。APOE基因的ε4变体（APOE4）编码脂质转运蛋白载脂蛋白E，是晚发性AD最强的遗传风险因素。既往研究已探讨了APOE4如何扰乱不同细胞类型内的特定代谢通路。本研究采用以代谢物为中心的广泛方法，基于转录组和代谢组数据，探究APOE4如何以细胞类型特异性的方式重塑细胞代谢。我们将携带APOE3或APOE4基因型的同源iPSC来源神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞的转录组学数据整合到人类基因组规模代谢模型中。基于该模型，我们识别出APOE3与APOE4细胞之间存在差异的代谢通路。随后，我们利用相同iPSC来源细胞类型的代谢组学数据验证了转录组分析所识别的通路。除证实既往关于胆固醇和脂肪酸代谢紊乱的报道外，我们还发现胆汁酸生物合成、叶酸代谢和甲状腺激素代谢是APOE4细胞中失调的新通路。

此外，我们能够在人类死后转录组数据中检测到类似的代谢失调。通过整合转录组和代谢组数据，我们的方法可以增强对AD中与APOE4相关代谢失调有关的生物学机制的理解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。