多区域空间转录组揭示阿尔茨海默病中Aβ斑块诱导变化的区域特异性响应

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE304497

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

阿尔茨海默病（AD）是导致痴呆症的主要原因，全球约有5500万人受其影响。AD的病理学标志——β-淀粉样蛋白（Aβ）斑块和神经原纤维缠结（NFT）——在不同脑区遵循各自独特的刻板进展模式，并触发多细胞反应，最终导致神经元丢失和认知功能下降。尽管在AD进展过程中Aβ斑块均匀地扩散至整个皮层，但不同脑区对Aβ斑块随时间推移所诱导的变化（如NFT积累）表现出不同程度的易感性和韧性。我们对于支撑这些脑区特异性韧性差异的细胞类型和分子机制的理解仍存在关键空白。在本研究中，我们假设Aβ微环境内以及更广泛地分布于灰质中的脑区和细胞类型特异性转录反应可能促成了这种差异。

我们对两名Braak III期和Thal 4期阿尔茨海默病（AD）患者的內嗅皮层、枕颞皮层、背外侧前额叶皮层和纹状皮层进行了匹配的多区域空间转录组学和Aβ免疫荧光染色。细胞类型比例、基因表达和细胞间通讯的时空比较揭示了生长抑素和生长抑素软骨凝集素抑制性神经元的脆弱性差异，以及Aβ斑块微环境中内体和溶酶体运输及金属硫蛋白基因表达的变化。我们还观察到灰质内血脑屏障功能障碍、成纤维细胞生长因子信号传导以及血管损伤与修复相关细胞间通讯网络的变化。我们的结果证明了在多个区域同时分析AD组学和空间模态的价值，有助于阐明皮层区域特异性差异如何促进神经退行性变过程中的选择性脆弱性和韧性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。