KOLF2.1J iTF-Microglia：研究CNS疾病中小胶质细胞转录调控网络的标准化平台 [RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE299831

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

理解小胶质细胞中的转录调控网络（TRNs）是揭示驱动中枢神经系统（CNS）疾病机制的关键。人iPSC衍生模型为研究小胶质细胞提供了可操作的体系，但细胞系间的变异性限制了可重复性。在本研究中，我们利用标准化的KOLF2.1J iTF细胞系快速生成小胶质细胞样细胞（iTF-Microglia），并在稳态和炎症条件下对其TRNs进行分析。iTF-Microglia在转录组和表观基因组水平上均与原发性脑小胶质细胞高度相似。整合分析揭示了小胶质细胞富集的候选顺式调控元件（cCREs）以及在分化和LPS+IFNG刺激下的动态增强子重塑，涉及包括NF-kB、IRF和STAT家族在内的关键转录因子（TFs）。在iTF-Microglia中活跃的TRNs富集了与阿尔茨海默病及其他CNS疾病相关的遗传变异。这些发现确立了KOLF2.1J iTF-Microglia作为一个可重复且遗传学上可操作的研究人小胶质细胞基因调控的平台，并为TRN重塑如何促进CNS疾病风险提供了机制性见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。