NeuID：调控阿尔茨海默病神经元功能的新型神经元特异性lncRNA [ChIP-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE296334

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

非编码RNA是不编码蛋白质的转录本，占人类转录组的98.5%。其中，长链非编码RNA（lncRNA）已被认为参与多种生物学功能，包括基因表达和翻译的调控。中枢神经系统（CNS）含有多种多样的lncRNA转录本，但其中许多的功能在很大程度上仍未被探索。在本研究中，我们采用FANS结合总RNA测序和单核RNA测序方法，利用人和小鼠脑组织，鉴定神经元特异性的新型lncRNA，并可能与非神经退行性疾病相关。我们发现了一种新型脑特异性lncRNA，我们将其命名为“NeuID”，它在小鼠和人脑的神经元细胞中特异性表达。研究发现，阿尔茨海默病（AD）患者脑中NeuID的表达降低。敲低（KD）NeuID导致突触可塑性基因下调。此外，NeuID KD导致MEA记录中树突棘密度降低和神经网络活动减少。

此外，我们证明NeuID与PRC2复合物的组分EZH2相互作用，并介导Olig2转录因子的H3K27me3水平。值得注意的是，CRISPRa介导的NeuID过表达能够挽救由AD相关病理性Aβ寡聚体引起的功能损伤。总体而言，我们的研究鉴定了一种新型的脑和神经元特异性lncRNA，它调控神经元功能，在AD中失调，并可能成为对抗AD神经元病理的潜在治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。