帕金森病边缘系统兴奋性神经元单细胞图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE295998

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

帕金森病（PD）是一种常见的与年龄相关的神经退行性疾病，其病理特征为多个脑区神经元内出现路易小体。尽管中脑色素多巴胺能神经元的严重选择性变性导致了特征性的一系列运动症状，但其他神经元群体在疾病中如何受累并促成神经精神症状仍不清楚。杏仁核是PD和伴有α-突触核蛋白病理的阿尔茨海默病中最常出现路易小体的脑区之一。为了解PD中该皮层下边缘区神经元和胶质细胞如何改变，我们对患者及年龄匹配的对照进行了单核RNA测序（snRNA-seq），经质量控制后获得168，270个转录组。通过严格的差异基因表达分析，我们发现兴奋性神经元中与代谢通路相关基因的转录扰动，包括TFEB上调，而抑制性神经元或神经前体细胞中未见此类改变。此外，我们观察到小胶质细胞增多并向激活状态转变。

通过将单核RNA测序（snRNA-seq）与遗传学研究进行生物信息学整合，我们的研究结果表明，帕金森病（PD）风险因素通过边缘系统兴奋性神经元和中脑多巴胺能神经元的细胞自主过程发挥作用。我们的发现明确了杏仁核兴奋性神经元的选择性易感性，并可能对理解和治疗帕金森病的非运动症状具有重要意义。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。