肠道原生菌群调控神经细胞状态与神经退行性疾病易感性 [5xFAD_CD11b+_Bulk_RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE289590

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

原生微生物组影响众多宿主过程，包括神经功能。我们已经表明，大肠杆菌定植在野生型小鼠中诱导了一种独特的适应性免疫和神经退行性疾病相关细胞状态，提示疾病易感性增加。此外，在5xFAD小鼠模型中暴露于大肠杆菌会导致认知衰退和淀粉样蛋白病理加重，表明其足以恶化阿尔茨海默病相关结局。在此，我们对经大肠杆菌或载体处理的5xFAD小鼠的CD11b+脑髓系细胞进行了批量RNA测序，以了解大肠杆菌如何在淀粉样蛋白病理背景下调节神经免疫反应。我们证明，经过1个月的富集后，暴露于大肠杆菌的动物中与疾病相关小胶质细胞表型相关的基因出现轻微减少，这可能有助于解释为何这些动物表现出更差的结局。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。