一氧化氮通过可变剪接驱动蛋白质组多样性 [CLIP-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE286543

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

一氧化氮（NO）介导的氧化还原信号传导被认为通过S-亚硝基化（SNO修饰）调控全球蛋白质组的很大一部分。在此我们报道，RNA结合蛋白（RBPs）是S-亚硝基化靶标中最显著富集的一类，广泛覆盖剪接体因子。我们证明NO调控可变剪接（AS），并且PTBP1（AS的核心调控因子）的S-亚硝基化能够大规模改变并情境性地影响基因表达，同时进一步富集转录组中的SNO位点。PTBP1的S-亚硝基化改变RNA结合结构域构象、RNA基序识别、蛋白质–RNA及蛋白质–蛋白质相互作用以及细胞内转运，从而影响病毒感染和神经退行性变相关通路。小鼠和人阿尔茨海默病脑中SNO-PTBP1水平降低，并与不良临床结局相关。总体而言，SNO-RBPs的特征在于跨不同谱系的保守性及SNO位点，并为生理和疾病状态下转录组与蛋白质组的氧化还原调控提供了蓝图。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。