晚期糖基化终产物暴露后人FHs 74 Int肠上皮细胞全局转录分析

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE285048

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数据说明

晚期糖基化终产物（AGEs）在食品热加工过程中形成，并已被认为与一系列慢性炎症性疾病的发病机制有关。据推测，摄入热加工食品后，AGEs会与肠上皮发生相互作用，然而，其对肠上皮细胞的直接作用尚知之甚少。本研究探讨了人肠上皮FHs 74 Int细胞在暴露于甲基乙二醛修饰的人血清蛋白（AGE-HS）、S100A12（一种已知的RAGE配体）以及未修饰的人血清蛋白（HS）后，与PBS处理细胞相比的转录组学变化。令人意外的是，在标准分析阈值下，AGE-HS处理并未导致显著的差异基因表达，而未修饰的HS诱导了轻微的转录变化。S100A12也未引起显著的基因表达改变。然而，GSEA揭示了细微但协调的变化——AGE-HS处理诱导了与MYC、干扰素反应和氧化磷酸化相关的基因集下调，这与S100A12观察到的一些效应相似。

此外，KEGG通路分析显示，对AGE-HS和S100A12的应答在影响与氧化磷酸化及神经退行性疾病（如阿尔茨海默病、帕金森病和亨廷顿病）相关的通路上存在部分重叠。本研究首次对经AGE修饰蛋白处理的肠上皮细胞进行了全局转录组分析。其效应不如预期显著，因此，这些数据对先前关于AGE诱导强烈炎症和增殖效应的报道提出了质疑，并强调了严格内毒素检测和使用适当对照的重要性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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