NAD+与EVA1-C依赖的神经功能缺陷逆转由tau病变动物模型中差异可变RNA剪接介导
该数据集来自NCBI GEO,聚焦NAD+代谢、可变剪接事件与阿尔茨海默病及tau病变的关系。研究结合深度学习AI算法预测蛋白结构和蛋白互作,并使用hTau.P301S转基因小鼠与转基因hTau[P301L]秀丽隐杆线虫等tau病变模型,挖掘小鼠转录组数据以检测NAD+前体烟酰胺存在下差异诱导的可变

基本信息
资源简介
NAD+与EVA1-C依赖的神经功能缺陷逆转由tau病变动物模型中差异可变RNA剪接介导
NAD+ - and EVA1-C-dependent reversal of neurological deficits is mediated by differential alternative RNA splicing in tauopathic animal models
该数据集来自NCBI GEO,聚焦NAD+代谢、可变剪接事件与阿尔茨海默病及tau病变的关系。研究结合深度学习AI算法预测蛋白结构和蛋白互作,并使用hTau.P301S转基因小鼠与转基因hTau[P301L]秀丽隐杆线虫等tau病变模型,挖掘小鼠转录组数据以检测NAD+前体烟酰胺存在下差异诱导的可变剪接事件。数据可用于探索NAD+依赖的可变剪接调控机制及神经功能缺陷逆转的分子基础(来源 NCBI)。
【数据集背景】
源站首次发布:Oct 11 202。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):异常可变剪接事件(ASEs)正成为衰老的新标志,并与阿尔茨海默病(AD)等年龄相关神经退行性病理有关。AD大脑的特征是丰富的细胞内蛋白样聚集体,包括神经原纤维缠结(NFTs)。尽管NAD+及相关代谢物可以减缓AD进展,但NAD+对AD中ASEs的影响仍不清楚。本研究使用基于深度学习的AI算法预测蛋白质结构和蛋白质-蛋白质相互作用,以及包括hTau.P301S转基因小鼠和转基因hTau[P301L]秀丽隐杆线虫在内的实验性tau病变模型,研究NAD+代谢、ASEs与AD或AD样病理(包括tau病变)之间的关系。挖掘小鼠转录组数据以检测在NAD+前体烟酰胺存在下差异诱导的ASEs。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个,合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签:GPL24247、10090。本站分类:神经系统疾病/阿尔茨海默病。
【获取与许可】
源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE279334
【使用注意】
· 源站最后修改于 Feb 18 202,引用时请注意版本时效。
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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE279334
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pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
异常可变剪接事件(ASEs)正逐渐成为衰老的一个新标志,并与阿尔茨海默病(AD)等年龄相关神经退行性病理相关联。AD大脑的特征是存在大量细胞内蛋白质聚集体,包括神经原纤维缠结(NFTs)。尽管NAD+及相关代谢物可以减缓AD进展,但NAD+对AD中ASEs的影响仍不清楚。本研究利用基于深度学习的AI算法预测蛋白质结构和蛋白质-蛋白质相互作用,并结合包括hTau.P301S转基因小鼠和转基因hTau[P301L]秀丽隐杆线虫在内的实验性tau蛋白病模型,探讨NAD+代谢、ASEs与AD或AD样病理(包括tau蛋白病)之间的关系。研究人员挖掘小鼠转录组数据,以检测在NAD+前体烟酰胺核糖(NR)存在下差异诱导的ASEs,并特别关注Eva1-C位点。结果显示,Eva1-C异构体的相对丰度对NR浓度和tau蛋白病基因型均敏感。
NAD+丰度/代谢状态调节ASEs以及EVA1-C异构体的表达,后者反过来调控与关键蛋白BAG-1和HSP70的相互作用,这些蛋白参与协调蛋白质稳态。重要的是,与20例认知正常人类相比,20例Braak 5/6期AD患者死后内嗅皮层和海马神经元中EVA1-C显著减少。因此,本研究支持这一新观点:NAD+代谢调节特定mRNA异构体的丰度,且ASEs影响模型tau蛋白病以及潜在AD的疾病进展。这些结果可促进未来开发基于NAD+的AD剪接转换治疗策略。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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