溶酶体功能障碍驱动神经退行性疾病中疾病相关小胶质细胞的转录与表观遗传特征 [ChIP-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE278448

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

溶酶体功能障碍与多种溶酶体贮积症中的神经退行性病变存在因果关联，并与多种年龄相关神经退行性疾病相关。本研究利用因溶酶体水解酶SGSH缺陷所致的黏多糖贮积症IIIA型小鼠模型，探究其潜在机制。系统性影像学、转录组学及表观遗传学研究显示，小胶质细胞是Sgsh缺陷小鼠脑内受影响最深刻的细胞类型。进一步研究确定了MITF/TFE家族成员作为溶酶体应激所致小胶质细胞特异性表观遗传和转录变化的主要驱动因素，发挥主导性和情境依赖性作用，且这些作用依赖于与AP-1/ATF、C/EBP和PU.1/ETS转录因子的协同相互作用。在小鼠Sgsh缺陷中观察到的转录组和表观遗传改变特征，同样见于年龄相关神经退行性疾病小鼠模型来源的小胶质细胞以及人类阿尔茨海默病患者。这些发现揭示了与疾病相关小胶质细胞表型相关的共同及疾病特异性转录机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。