5xFAD小鼠视网膜剪接转录组分析揭示保留内含子

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE274214

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

阿尔茨海默病（AD）是一种与年龄相关的神经退行性疾病，脑内神经元和突触的丢失导致认知障碍和痴呆。因此，利用多种生物标志物对AD进行早期诊断对于预防和治疗具有重要意义。尽管视网膜病理正成为与AD相关的 emerging 生物标志物，但视网膜损伤的详细分子机制仍不清楚。在此，我们通过RNA-seq分析鉴定了5xFAD转基因小鼠视网膜早期阶段可变剪接的全基因组功能障碍。特别是，在1.5月龄5xFAD小鼠视网膜中，内含子保留（RI）高度富集于光转导和视网膜基因，且通过视网膜电图（ERG）分析显示其与视杆光感受器的视网膜生理损伤显著相关。这些结果表明，与全局剪接障碍相关的异常暗适应ERG可能作为AD的有用早期检测生物标志物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。