HSV-1感染人脑类器官与胰腺干细胞胰岛驱动阿尔茨海默病及自身免疫病相关转录本

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE272361

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

病毒感染引发的炎症与多种常见疾病相关，如阿尔茨海默病（AD）和1型糖尿病（T1D）。值得注意的是，已有报道显示单纯疱疹病毒1型（HSV-1）与AD存在关联。我们试图鉴定HSV-1感染以及抗病毒药物（阿昔洛韦，ACV）治疗HSV-1感染后，在人脑类器官解离细胞（dcOrgs）与干细胞来源的胰岛（sc-islets）中引起的转录组变化，以期获得关于HSV-1诱导的炎症在AD和T1D中相关性的潜在生物学见解。我们观察到，HSV-1感染的sc-islets中的差异表达基因（DEGs）富集于与多种自身免疫性疾病相关的基因，其中最显著的是T1D，但也包括类风湿性关节炎、银屑病、克罗恩病和多发性硬化症，而HSV-1感染的dcOrgs中的DEGs则仅富集于与AD相关的基因。ACV治疗sc-islets并未挽救自身免疫性疾病相关基因的转录表达。

最后，我们鉴定出在dcOrgs和sc-islets病毒处理中共同或独有的差异表达基因（DEGs）所富集的基因本体类别，例如涉及转移酶复合体、线粒体和自噬功能的类别。总体而言，这些研究为理解AD和T1D中炎症的分子效应提供了见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。