人原代星形胶质细胞增强子CRISPRi筛选揭示阿尔茨海默病调控环路 [NanoString]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE255009

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们采用CROP-seq技术在正常人星形胶质细胞（NHAs，一种原代细胞系）中对979个候选增强子扰动进行了高通量、平行筛选。我们确定了其中145个候选增强子的靶基因，这些基因在eRNA转录、转录因子足迹分析和超级增强子注释方面均呈现富集。大多数调控相互作用的距离小于50kb，在大约50%的情况下靶向最近的基因，但这些相互作用通常未能被eQTL或计算机预测所捕获。这些数据揭示了一种研究不足但至关重要的大脑细胞类型的调控网络。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。