阿尔茨海默病患者全转录组基因表达数据集
该数据集为NCBI GEO上的SuperSeries,标题为阿尔茨海默病患者全转录组基因表达,属于神经系统疾病/阿尔茨海默病分类

基本信息
资源简介
阿尔茨海默病患者全转录组基因表达数据集
GSE248423 是 NCBI GEO 上的一个 SuperSeries,标题为“阿尔茨海默病患者全转录组基因表达”,归入神经系统疾病 / 阿尔茨海默病分类。该数据集聚焦阿尔茨海默病(AD)患者样本的全转录组基因表达,主题标签涉及高通量测序的非编码 RNA 谱分析,物种标识为 9606(人类),平台关联 GPL24676。数据集由 Massimo、Caputi 提交,发布时间为 2024 年 11 月 21 日,当前提供 1 个文件,即 GSE248423_series_matrix.txt.gz。作为 SuperSeries,其源站描述说明它由下方列出的若干 SubSeries 组成,适合作为 AD 转录组研究的入口级资源进行检索与整合使用。
【数据集背景】
阿尔茨海默病是常见的神经系统退行性疾病,其分子层面的改变涉及广泛的基因表达调控。该数据集以“阿尔茨海默病患者全转录组基因表达”为主题,面向 AD 患者样本的全转录组表达谱,属于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病分类下的公共数据资源。源站将其组织为 SuperSeries,意味着它并非单一实验的结果集合,而是对若干 SubSeries 的汇总入口,便于研究者从整体上定位与 AD 相关的转录组数据。主题标签中的“Non-coding RNA profiling by high throughput sequencing”表明该资源涉及基于高通量测序的非编码 RNA 谱分析,物种为人类(9606),关联平台为 GPL24676。
【数据内容】
数据集当前提供 1 个文件,文件样例为 GSE248423_series_matrix.txt.gz,即 GZIP 压缩的系列矩阵文件。该文件通常承载样本层面的表达矩阵及样本元信息,是 GEO 系列数据常用的汇总格式。由于源站描述仅说明该 SuperSeries 由下列 SubSeries 组成,未提供各 SubSeries 的具体编号、样本数量、分组设计、测序深度或表达基因数目等信息,这些细节源站未提供。主题标签提示数据涉及非编码 RNA 的高通量测序谱分析,但具体检测的 RNA 类型构成与定量结果,源站未提供。
【采集与来源】
数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI GEO 公共数据库资源。数据集作者为 Massimo、Caputi,发布时间为 2024 年 11 月 21 日。物种标识为人类(9606),关联平台 GPL24676。关于样本采集地点、队列来源、临床诊断标准、伦理审批信息以及测序平台的具体型号与试剂版本,源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于阿尔茨海默病转录组层面的探索性研究,例如检索 AD 患者全转录组表达数据、定位非编码 RNA 相关分析资源,以及作为 SuperSeries 入口查找其下属 SubSeries 以获取更细分的实验数据。也可用于方法学预研中的数据结构核对与流程测试。由于缺乏样本量、分组与临床注释等细节,不宜在未核实 SubSeries 内容的情况下直接用于统计推断或生物标志物验证。
【使用方法】
使用时可先下载 GSE248423_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式解压读取。建议先在小样本上核对字段名称、编码方式与样本注释结构,确认无误后再批量接入分析流程。若研究问题需要具体实验层面的信息,应进一步查阅该 SuperSeries 所汇总的 SubSeries 内容。源站未提供配套的分析脚本、标准化流程或推荐参数。
【质量与限制】
该数据集为公共数据库中的 SuperSeries 汇总条目,当前仅提供 1 个系列矩阵文件,缺少样本数量、分组设计、测序质量指标与临床元数据等关键信息,源站未提供。使用时应充分评估其作为汇总入口的定位,避免将 SuperSeries 层面的信息误当作单一实验的完整描述。数据解读需结合下属 SubSeries 的具体内容进行核实。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可条款信息。使用时应遵循 NCBI GEO 的通用数据使用规范,并在发表成果时按源站要求标注数据来源;具体引用格式与授权范围,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE248423
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below.
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