血液诱导小胶质细胞功能多组学图谱 [scRNA-Seq II]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE229655

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

血液蛋白通过受损的血脑屏障外渗以及先天免疫激活是神经系统疾病的标志性特征，也是新兴的治疗靶点。然而，血液蛋白如何极化先天免疫细胞在很大程度上仍不清楚。在此，我们建立了一个无偏倚的血液-先天免疫多组学和遗传功能缺失流程，以定义血液诱导的先天免疫极化的转录组和全局磷酸化蛋白质组及其在小胶质细胞神经毒性中的作用。血液诱导了小胶质细胞广泛的转录变化，包括涉及氧化应激和神经退行性基因的变化。比较功能性多组学显示，血液蛋白在小胶质细胞和巨噬细胞中诱导了不同的受体介导的转录程序，如氧化还原、1型干扰素和淋巴细胞募集。凝血因子纤维蛋白原的缺失在很大程度上逆转了血液诱导的小胶质细胞神经退行性特征。

在阿尔茨海默病小鼠中，基因消除CD11b的纤维蛋白原结合基序可降低小胶质细胞脂质代谢及神经退行性特征，这些特征与多发性硬化小鼠中自身免疫驱动的神经炎症所共有。我们的数据为研究血液蛋白免疫学提供了一个交互式资源，可能有助于通过免疫和血管信号对小胶质细胞激活进行治疗性靶向。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。