RNA-Seq中的常见线粒体缺失：bulk、单细胞与空间转录组数据集评估
数据用于探究能否利用高通量生物信息学工具Splice-Break对大型线粒体DNA缺失进行定量和检测，覆盖bulk、单细胞和空间转录组数据
基本信息
资源简介
RNA-Seq中的常见线粒体缺失：bulk、单细胞与空间转录组数据集评估
Common Mitochondrial Deletions in RNA-Seq: Evaluation of Bulk, Single-Cell and Spatial Transcriptomic Datasets
该数据集来自NCBI GEO，标题为Common Mitochondrial Deletions in RNA-Seq: Evaluation of Bulk, Single-Cell and Spatial Transcriptomic Datasets，属于神经系统疾病/阿尔茨海默病分类。数据用于探究能否利用高通量生物信息学工具Splice-Break对大型线粒体DNA缺失进行定量和检测，覆盖bulk、单细胞和空间转录组数据。文件数量为1，样例为GSE226663_series_matrix.txt.gz，主题标签涉及高通量测序表达谱、GPL24676和9606。可用于评估线粒体缺失检测方法在多种转录组平台上的适用性（来源 NC。
【数据集背景】
源站首次发布：Mar 05 202。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：为了研究是否可以使用高通量生物信息学工具Splice-Break（
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签：GPL24676、9606。本站分类：神经系统疾病/阿尔茨海默病。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE226663
下载信息
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数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE226663
标准获取流程：
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为了研究是否可以使用高通量生物信息学工具Splice-Break（https://github.com/brookehjelm/Splice-Break2）来量化和检测大型线粒体DNA（mtDNA）缺失。该数据集包含8个人类中颞回（MTG）样本（来自4名患者），这些样本按照10x Genomics visium协议进行了空间转录组RNA测序，以及2个样本（来自空间转录组学患者144107/144108）进行了批量RNA测序（一个采用核糖体去除文库制备，另一个未采用）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托三甲直采网络，提供合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
