Aβ毒性与兴奋性毒性中生物钟介导的神经元基因表达

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE206081

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

近几十年来，转录组分析已被广泛应用于理解人类疾病的发病机制以及识别治疗靶点和生物标志物。在阿尔茨海默病和帕金森病等神经退行性疾病患者中积累的研究报告也提供了与神经发病机制相关的基因表达失调的证据。然而，由于可及性低，从神经退行性疾病患者中获取样本比其他人类疾病更具挑战性。此外，脑组织和脑脊液由多种细胞类型组成，因此不适合用于获取神经细胞类型特异性的基因表达谱。因此，我们在此报告了暴露于Aβ毒性和谷氨酸兴奋性毒性的原代神经元培养物中的基因表达谱，以理解神经元中的病理性基因表达。通过RNA测序分析，我们比较了转录组，发现两组基因在Aβ毒性和兴奋性毒性中表现出相似的表达模式——它们在两种条件下均上调或下调。

两组中的基因与突触功能和细胞信号传导相关，这些是Aβ毒性和兴奋性毒性中已知会发生改变的生物学功能。有趣的是，分析揭示了一种可能性，即昼夜节律钟（产生日常节律的分子振荡器）相关基因在两种情况下均出现失调。我们证实了在Aβ毒性和谷氨酸兴奋性毒性中昼夜节律转录因子Bmal1水平降低。对Bmal1缺失神经元的RNA测序分析显示了BMAL1与突触功能之间的潜在关系。因此，这项转录组研究为昼夜节律钟在神经发病机制中的潜在作用提供了证据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。