跨疾病人类小胶质细胞框架识别疾病富集亚群及小胶质细胞极化工具化合物

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE202556

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人类小胶质细胞在神经系统疾病中起着关键作用，但由于对小胶质细胞异质性的理解尚不完整，目前鲜有直接调节小胶质细胞状态或功能的靶向疗法。我们采用单细胞RNA测序技术，对来自不同神经系统疾病和中枢神经系统区域的尸检或手术切除样本中的活体人类小胶质细胞进行了分析。我们观察到氧化代谢与杂环代谢之间存在核心分野，并鉴定出与抗原呈递、运动和增殖相关的亚群。特定亚群在神经退行性疾病的易感基因或疾病相关小胶质细胞特征中富集。我们通过RNAscope-免疫荧光流程在原位验证了这些亚型，并将我们的数据集作为分类资源加以利用，发现iPSC模型系统重现了体内相当程度的异质性。最后，我们鉴定并验证了在体外通过化学方法诱导亚型特异性状态的候选物，表明Camptothecin能够下调疾病富集亚群的转录特征，并上调一种先前被证明在阿尔茨海默病中耗竭的特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。