帕金森病脑单细胞转录组与蛋白质组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE202210

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

帕金森病（PD）是一种常见的神经退行性疾病，近期证据提示其发病机制可能由炎症过程介导。该疾病的分子结构尚未完全阐明。我们采用来自12例晚期PD患者及年龄匹配对照者死后前额叶皮层组织，进行了单核转录组学和无偏蛋白质组学分析。我们分析了约80,000个细胞核，鉴定出八种主要细胞类型，包括脑内驻留T细胞，每种细胞类型均呈现出与PD已知遗传学相符的独特转录变化。通过分析同一死后组织中的路易小体病理，我们发现α-突触核蛋白病理与兴奋性神经元中伴侣蛋白表达呈负相关。研究细胞间相互作用时，我们发现神经元-星形胶质细胞相互作用选择性减弱，且神经炎症增强。对同一批脑组织的蛋白质组学分析鉴定出前额叶皮层中在PD中优先下调的突触蛋白。

引人注目的是，将此数据集与一项针对阿尔茨海默病（AD）的区域相似已发表分析相比较，我们发现在神经元中没有共同的差异表达基因，但在胶质细胞中识别出许多共享的差异表达基因，这表明帕金森病（PD）与AD的疾病病因可能不同。这些数据作为探究PD及其他神经退行性疾病分子和细胞基础的资源呈现。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。