姜黄素改变PRV感染BV2细胞表型的RNA-seq研究

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE201985

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：下一代测序（NGS）彻底改变了基于系统的细胞通路分析。本研究旨在感染经姜黄素转化的PRV后BV2表型的差异表达基因，并预测参与表型转化的可能分子机制。方法：采用Illumina测序平台对三个处理组的BV2细胞进行测序，获得BV2细胞的三份重复mRNA图谱。细胞分为对照组：正常BV2细胞培养48小时；PRV感染组：BV2细胞感染1.66×10⁶TCID50 PRV 48小时；CUR处理组：BV2细胞感染1.66×10⁶TCID50 PRV 24小时后，再用20μM CUR处理24小时。结果：PRV组与CON组的差异表达基因数量为306个，其中生物学显著上调基因242个，生物学显著下调基因64个。PRV+CUR组与PRV组的差异表达基因数量为5073个，其中生物学显著上调基因2661个，生物学显著下调基因2412个。

与CON组相比，PRV+CUR组共发现1785个差异表达基因，其中788个具有生物学意义的上调基因和997个具有生物学意义的下调基因。结论：对不同表型BV2细胞在PRV感染及CUR处理后的转录组特征和差异表达基因进行生物信息学分析显示，糖酵解、氧化磷酸化、阿尔茨海默病及脂肪酸合成通路可能参与BV2细胞活化为M1型的过程。糖酵解、糖异生、胰岛素信号通路、NF-κB通路、AMPK通路、氧化磷酸化及脂肪酸合成可能参与PRV感染的BV2细胞经CUR处理后的表型转化。其中，AMPK可能通过调控该转化过程影响表型转化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。