Aβ处理原代培养小鼠星形胶质细胞ODC1抑制作用的下一代RNA测序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE185916

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：尿素循环在阿尔茨海默病（AD）星形胶质细胞中的存在及其作用尚未得到充分研究。过去，ODC1抑制剂DFMO（二氟甲基鸟氨酸）已被证明对AD样病理具有神经保护作用，但这种作用的生化机制在很大程度上仍不清楚。在本研究中，我们旨在比较未处理和Aβ处理的星形胶质细胞的转录组，并进一步研究在Aβ处理条件下DFMO处理的效果。方法：使用HiSeq 2500，在三种处理条件下，以 duplicates 形式通过高通量NGS生成原代星形胶质细胞培养物（来自P0-P1小鼠幼崽）的mRNA谱。使用Partek Genomics Suite分析序列读数，使用STAR进行比对，然后定量到小鼠基因组组装（mm10 Ensemble transcripts release 99），随后将其标准化为中位数比值，并使用DeSeq2算法进行差异分析。最后，参考KEGG数据库进行通路分析，以研究生物分子通路的差异表达。

结果：采用优化的数据分析流程，我们将每个样本约5000万条序列读段比对到小鼠基因组（版本mm10），并在数据集中鉴定出18783个基因。差异分析显示，在Aβ处理星形胶质细胞后，自噬相关基因上调，同时参与尿素循环代谢的基因被激活。DFMO抑制ODC1可诱导参与APP非淀粉样蛋白生成途径的基因上调，以及淀粉样蛋白生成相关基因的下调。通路分析显示，Aβ处理后尿素循环和尿素代谢过程通路上调，以及选择性自噬和吞噬体-溶酶体融合通路增强。结论：我们的研究首次对Aβ处理下的小鼠星形胶质细胞培养物转录组进行了详细分析，并利用RNA-seq技术、包含生物学重复，研究了ODC1抑制对其产生的影响。优化的数据

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。