人阿尔茨海默病脑内表达改变基因的整合分析（RNA-Seq）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE173955

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们此前曾对为Hisayama研究捐赠的人死后阿尔茨海默病（AD）脑组织进行过比较基因表达谱分析。AD脑组织的海马显示出基因表达谱最显著的改变[PMID: 23595620]。在本研究中，为识别AD海马的分子病理学改变，我们对相同样本应用了人类转录组芯片和RNA测序，并重新分析了基因芯片数据，还对全部3种方法进行了整合分析。我们还对6月龄AppNL-G-F/NL-G-F敲入AD模型小鼠的海马（作为临床前AD阶段模型）应用了基因芯片，最后进行了种间比较。对人类全部3种方法或至少2种方法结果进行的功能注释聚类显示，突触、细胞连接、钙调蛋白结合、离子转运和糖蛋白是受影响最大的条目。

在表现出显著淀粉样变性但无神经元变性的AppNL-G-F/NL-G-F小鼠海马中，我们发现归类于信号传导的基因表达上调，特别是具有二硫键或糖蛋白的信号肽，以及细胞的先天免疫应答和溶酶体。将扩展的人类数据与小鼠数据进行比较，我们通过qRT-PCR发现并确认了2个共同上调的基因，Clec7a和C4b，它们诱导先天免疫应答和突触消除。我们还通过qRT-PCR发现并确认了2个共同下调的基因，一个是Slc17a6，它可以影响谷氨酸的突触传递，第二个是Rxfp1，它参与基因转录。淀粉样蛋白积累是6月龄AppNL-G-F/NL-G-F小鼠AD的主要标志，因此我们的数据表明，淀粉样蛋白积累诱导先天免疫应答、突触消除，此外它还可以降低谷氨酸传递，并在海马AD大脑早期、神经元变性之前影响基因转录。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。