阿尔茨海默病TREM2携带者与非携带者脑表达模块的细微变化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE140841

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：已在髓样细胞触发受体2（TREM2）基因中鉴定出对晚发性阿尔茨海默病发病风险具有较大影响的罕见杂合编码变异（类似于ApoE4，OR 2.90-5.05）。然而，关于Trem2失调可能导致AD的机制知之甚少。

方法：我们对来自携带已知增加阿尔茨海默病风险的TREM2变异个体的5个（主要为2个）脑区的样本进行了差异表达和共表达网络分析，并利用RNA-Seq从系统层面了解TREM2突变的影响。

结果：Trem2缺失在较早年龄时影响更强，在皮层中4个月时差异表达（DE）基因数量比8个月时多17倍。通过整合DE基因和网络分析，我们发现了与4月龄时血管形成破坏相关的基因簇，以及与8月龄时主要影响海马区的蛋白质靶向相关的基因簇。

细胞类型与本体信息的进一步整合揭示了一个富集内皮细胞标志物的基因模块发生大规模紊乱，与此同时，富集神经元细胞标志物的模块与具有少突胶质细胞和星形胶质细胞身份的模块之间的连接减弱。具有神经元身份的模块仅在KO中表达降低，且在此处它与一个富集吞噬功能的新模块关联更为紧密。结论：通过对TREM2突变携带者大脑进行基因共表达和差异表达分析，我们证明有害TREM2突变的存在会产生细微的紊乱。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。