穹窿深部脑刺激诱导促进神经发生和突触可塑性的基因表达与剪接变化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE107383

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目前正在进行临床试验，旨在评估穹窿深部脑刺激（DBS）对改善阿尔茨海默病患者记忆的有效性，并且穹窿DBS已被证明能改善Rett综合征（RTT）——一种智力障碍疾病——小鼠模型的学习和记忆能力。然而，DBS获益的机制一直难以阐明，因此我们在野生型小鼠和缺乏Mecp2基因（该基因功能丧失导致RTT）的小鼠模型中，评估了急性穹窿DBS后的基因表达、剪接异构体丰度、DNA甲基化以及蛋白质组学变化。我们发现，DBS上调了参与突触功能、细胞存活和神经发生的基因，并且即使对于表达未改变的基因，也改变了不同异构体的比例。DBS挽救了Mecp2缺失小鼠中约25%的基因表达缺陷，尤其是那些涉及突触组分的缺陷，并且它诱导了在智力障碍小鼠模型以及重性抑郁障碍患者死后人脑组织中被发现下调的基因中17-24%的表达。因此，DBS可能使多种神经精神疾病患者获益。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。