小鼠海马转录组遗传学：系统调查与在线神经基因组学资源

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-84767

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

海马体联盟数据集提供了99种遗传多样性小鼠品系成年海马体中mRNA表达的估计值，其中包括67个BXD重组近交系、13个CXB重组近交系、一组多样化的常见近交系以及两个互交F1杂种。海马体是前脑中一个重要而引人入胜的部分，对记忆的形成与提取至关重要，且常受癫痫、阿尔茨海默病和精神分裂症的影响。与大脑其他大部分区域不同，海马体含有显著数量的干细胞群体，即使在成年哺乳动物中也能持续生成神经元和胶质细胞（Kempermann, 2005）。这项关于海马体（齿状回、CA1-CA3区）转录本表达的遗传分析是14位研究者共同努力的结果，并得到了致谢部分所述众多机构的支持。使用标准协议制备了混合RNA样本（通常为一份雄性海马体混合样本和一份雌性海马体混合样本）。

样本使用总共206个Affymetrix GeneChip小鼠表达430 2.0短寡核苷酸阵列（MOE430 2.0或M430v2；参见GEO平台ID GPL1261）进行处理，其中201个通过了质量控制和错误检查。该特定数据集采用PDNN协议处理。为了简化不同转换间的比较，每个阵列的PDNN值被调整至平均8个单位，标准差为2个单位。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。